中央和各地方都提出了完成土地确权登记颁证工作的时间表，但从目前进展情况来看，有的地方确权登记进展缓慢，这背后曝露出了农村土地存在的产权不清、权责不明等乱象。
姚育东介绍说，目前土地确权的难题主要是基础性工作的缺失，比如，在土地承包几十年之后，很多档案资料都已经缺失；村与村合并、乡镇与乡镇合并、撤乡并村等导致土地承包的基础档案资料发生变更，土地归属不明。
姚育东指出的第二种情况是，村一级、村民小组集体的土地所有权往往存在扯皮现象，这是目前土地确权的一个大难题。“比如说，张庄说这块地是我们的，李庄说是他们的，但是谁都拿不出准确的证据，这就是历史原因导致的权属不清楚。”
除了上述原因，在实际的确权登记工作中，也存在一些影响土地确权的特殊因素。“土地确权要公示，也要农民签字确认，但很多老百姓外出打工，有的春节都不回来，这也导致土地确权缓慢。另一个现象是，以前执行农业税的时候，有的农民不愿意缴税，就私下把土地承包出去了，导致目前的土地归属存疑。”
“修路、乡村道路占用了一部分土地，目前很难划清，这些因素也给土地确权带来困难。”马鞍山市含山县农委叶主任指出。据其透露，含山县土地流转已经达29.5万亩，占两轮承包耕地的59.5%，全县土地确权已经处于全面公示阶段。
张健表示，“目前全国有大量农村集体土地，这些土地都存在产权不清、权责不明的情况，这对于全面推进农村土地确权登记颁证工作是一个阻碍。”
截至今年上半年，全国农村土地流转面积已经达到3.8亿亩，占全国耕地面积的28.8%，达到2008年土地流转面积的3.5倍。其中，各类专业大户达到367万户，还包括98万个合作社。
《每日经济新闻》记者实地走访发现，土地流转在为农民提供一笔固定收益的同时，解放了农村劳动力，很多农民得以进城务工，或者到参与流转的企业就业。但与此同时，参与土地流转的企业却面临经营亏损、盈利前景不明等现实难题。
