解决问题的关键，在于对这部分实际合理占有的土地权益如何进行利益分配。另外作为副省级城市的深圳，土地利用指标掌握在中央手中。
破局的时间点在2012年5月25日，深圳市土地管理制度改革综合试点启动仪式在深圳举行。时任国土资源部部长徐绍史、广东省省长朱小丹出席。会上宣读了国土资源部和广东省政府对《深圳市土地管理制度改革总体方案》的联合批复。深圳市首次拿到了“城市规划”和“土地利用指标”两权合一的“尚方宝剑”，从而得以对城市中“原农村集体组织占地”展开全面清理与解决。至此，深圳“土改”拉开序幕。2013年1月，深圳推出“1+6文件”，展示了深圳“土改”的大致宏图。其中最大亮点是首次确定深圳市原农村集体经济组织拥有的工业用地可通过申请进入市场流通。
根据“1+6”文件，原农村集体经济组织继受单位实际占用的符合城市规划的工业用地，可申请以挂牌方式公开出（转）让土地使用权。有两种收益分配方式可供选择：一是所得收益50%纳入深圳市国土基金，50%归原农村集体经济组织继受单位；二是所得收益70%纳入深圳市国土基金，原农村集体经济组织继受单位获得30%，并可持有不超过总建筑面积20%的物业用于产业配套。
同年12月，随着拍卖槌落下，深圳市方格精密器件有限公司以底价1.16亿元竞得位于宝安凤凰社区的一块农地，其收益70%归政府，30%归村集体凤凰社区股份有限公司所有。首块原农村集体用地成功上市，被视为具有破冰意义。
