在建设工程合同纠纷案件中，由于承包人受到资质等级的限制，以及建筑工程总分包和转包的关系，导致合同主体和法律关系十分复杂，也是案件的诉讼主体呈现出复杂的情形的主要原因。因此，正确确定合同纠纷的诉讼主体是处理好建设工程合同纠纷案件的关键。根据司法实践情况，下列几种情况应该引起注意。
借用资质证书和营业执照所签合同的主体问题。勘察设计和建筑施工企业资质证书和营业执照是建筑行政主管部门和工商行政管理部门根据企业的技术力量、资金以及固定资产等情况对勘察设计和建筑施工企业综合考评后依法核定的经营证书，是一个建筑企业民事行为能力的主要体现之一。因此，任何借用和出借资质证书和营业执照的行为均是违法的。不具有相应资质条件的第三人借用具有相应资质条件的建筑施工企业名义与发包人签订的建设工程合同无效，因此造成质量缺陷或者其他损失的，应列不具有相应资质条件的第三人和具有相应资质条件的出借人为共同诉讼主体，并对发包人承担连带责任。
建设单位内部不具有法人资格的职能部门或者分支机构所签的合同主体问题。按照民法通则的规定，建设单位内部的职能部门或者分支机构不具有独立的财产，不能独立承担民事责任，因此，也就不能对外签订建设工程合同。
但 实践中，不少建设工程合同是有这些职能部门签定的，加盖的也是职能部门的公章。按照《合同法》的规定，此类合同属于效力待定合同，如果得到建设单位的追认或者同意，则为有效合同，否则，则为无效合同。但从诉讼主体上看，职能部门毕竟不能是建设工程合同法律关系的主体，不能独立承担责任，因此，这类案件应当由建设单位作为当事人并承担民事责任。
实行总、分包的工程发生纠纷后的诉讼主体问题。按照我国建筑法有关规定，总包企业可以将主体以外的其他分部工程分包给其他建筑企业，但须对整个建设工程的质量负责。如果分包人与发包人在合同履行过程中发生纠纷，应区别不同情形确定诉讼当事人：分包人是总包人的下属企业，或与总包人存在隶属关系的，虽然下属企业也具有独立法人资格，但仍应以总包人作为当事人;分包人与总包人没有隶属关系，但分包人因承建工程发生纠纷的，应以总包人为当事人，分包人为第三人参加诉讼;发包人、总包人和分包人三方协商，由总包人将自己承包的建设项目转让给分包人的，则属于合同权利义务的转让，与总包人无关，发生纠纷，应以发包人和受让人为当事人参加诉讼。
