中国立法到今天，解决建设工程合同纠纷在适用问题上，较为常用的是2005年1月1日起颁布实施的《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》，(简称解释)，因此，在谈论建设工程合同纠纷证据时，应该结合其分析：
合同作为认定案件事实的主要证据贯穿于法院审理案件适用法律的全过程，可以说合同证据在解释中比其他证据更具有重要地位。这种重要性表现在合同证据是连接各诉讼主体的纽带，是明确当事人之间权利义务的文书，是认定当事人合同行为的事实基础，也是人民法院适用法律的前提，合同证据这种重要地位其他证据是不可替代的。
合同以诉讼证据的形式表现其作用，就是要证明案件的真实情况或客观事实。但是在实践中同一事实会出现不同的合同证据，也就是我们俗称的‘ “黑白合同”或“阴阳合同”，“黑白合同”往往会给合同事实的认定带来争议，
根据《解释》的第二十一条的规定，即“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程款的依据。”该规定事实上排除了“黑合同”的证据效力，是对“白合同”的证明效力进一步确认。为什么要作出这样的规定?因为合同的订立应当遵循平等自愿的原则，一方当事人不得将自己的意志强加给另一方，往往“黑合同”是一方当事人利用其优势地位逼迫另一方当事人签订的不平等条约，倘若予以采用确认其效力就会损害弱势群体的利益，故应当否认其证据效力。
在《解释》.中对合同的认定有两种结果即有效合同和无效合同，有效合同的证据效力是无可质疑的，倘若一方当事人未按合同的约定履行义务，必然构成违约，要承担相应的违约责任。是不是无效合同就没有证据效力?可以明确的讲，无效合同并不等于无证据效力的合同，无效合同仅是不受法律保护的合同，但它还具备一定的证据效力，因为它也能证明案件的真实情况或客观事实，如《解释》第一条虽然认定了三类合同为无效合同，但是第二条对无效合同的处理又规定了“承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应当予以支持。”说明了无效合同与无证据效力之间有本质上的差别。
合同证据是审理案件的主要证据，但是在看待合同证据时，不能就合同论合同，事实上合同是由一系列的合同文件组成，从建设工程施工合同组成上看，单合同本身就有三个部分，即《协议书》、《通用条款》、《专用条款》，除此之外的中标通知书、投标书及附件、标准、规范及有关技术文件、图纸、工程量清单、工程报价单或预算书、发包人与承包人之间有关工程的洽商、变更或书面协议或文件等。故看待合同证据应当从广义的角度、全面的角度去看，倘若就合同论合同，忽视合同文件的组成，将会给很多合同事实的认定带来问题。《解释》的第三条、第十六条第三款规定中竣工验收不合格，第十条规定中解除合同后已完工程质量不合格问题，以什么为标准判定，这就需要以合同文件中所列证据的标准、规范及有关技术文件和图纸进行印证或反驳;还有第十六条第二款规定指出的结算问题，第十九条规定指出的工程量等发生争议，又涉及到合同文件中的工程量清单、投标书及附件、中标通知书、图纸变更等。
建设工程施工合同纠纷在诉讼中，往往同一工程项目会出现若干个诉讼主体，并出现若干个合同证据，《解释》的第二十六条规定：“实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。”第二款又规定：“实际承包人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人。发包人只在欠付工程款范围内对实际施工人承担责任。”该条的规定已给出若干个主体，即实际施工人、转包人、发包人，还隐含着承包人。他们之间的关系只能用合同联系在一起，即发包人与承包人之间形成建设工程施工合同、承包人与转包人之间形成转包合同、承包人与分包人之间形成分包合同、实际施工人与承包人或转包人或分包人又形成实际施工合同，在诉讼中认定以上事实均需合同证据证明。
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