手续费一直是银行利润的重要来源，名目繁多的收费项目也一度让银行在人们心中的形象跌到了冰点。超级网银也并非免费的午餐，有的银行超级网银收费甚至贵过普通网银。
中银网站公告显示，使用“超级网银”进行跨行转账，每笔收取 0.5元手续费，外加从5元至200元不等的人民币电子汇划费。以跨行转账2万元为例，则需要收取 0.5元手续费加10元电子汇划费，总计10.5元 ，这一费用标准与现有的中行网上银行收费标准相同。建行、交通银行等多家银行客服人员也表示 ，“超级网银”的跨行转账收费标准将与现有标准相当，此外，跨行查询、签约等服务目前暂不收取费用。
在招商银行试用“超级网银”，其价格要更高于招行普通网银。据了解，在招商银行使用“超级网银”进行同城跨行转账，手续费用为转账金额的0.6%，最低5元，最高50元 ，这一费用高于招行原先每笔2元的收费标准。
今年六月份，中国人民银行公布《非金融机构支付服务管理办法》，要求支付企业最低注册资本3000万元 ，并且连续盈利两年以上。随后不久人民银行的超级网银就“闪亮登场”，让人不免产生联想：超级网银难道要取支付宝而代之？从两者的功能上看，超级网银无疑兼具支付宝的功能，但是面对淘宝数量众多的用户，如果没有支付宝平台的对接，超级网银怕是也难为无米之炊。
超级网银诞生后，支付宝会不会丧失网络支付服务商的地位？银行界人士认为消费者的这种担心可能是多余的。“超级网银与支付宝不属于同一概念的东西，侧重点不同。支付宝倾向于第三方支付，重点是网上支付功能，属于电子商务，而超级网银的功能更全面，有跨行账户管理、跨行资金汇划等多种功能。两者不会直接PK，将来在某些业务方面展开合作还是有可能的。”交通银行青岛分行电子银行部赵波说。
“我以前办了好几家银行的网银UKEY，如果超级网银推广开了以后，这些网银的UKEY怎么办？能再退给银行吗？”市民黄先生说。从市民的使用情况来看，通过超级网银的操作，可以通过一家银行网银管理多家银行账户的资金，比如把工商银行的账户和中国银行的账户“互联”起来之后，通过其中一家银行就可以管理另一家银行的账户，“互联”更多的银行账户后，只需一个 UKEY ，其他的UKEY则显得多余。 使用过超级网银的李先生说：“超级网银虽然方便，但是也增加了风险性。如果我把超级网银登录用的UKEY丢了的话，而且密码又被别人知道了，那这样岂不是等于一下损失了多个账户的资金？”
赵波说，市民的这种担心是多余的，他试验过超级网银，安全性不存在大的问题。超级网银如果遭遇了黑客的入侵，会像普通网银一样，只会损害一个账户。“超级网银如果从一个界面跳到另一个界面，还需要重新认证，除了登录银行账户外，其他账户的资金不会有危险。
体验过超级网银的李先生表示，超级网银“看上去很美”，但是办理起来也超级麻烦，“我常用的有中国银行、建设银行和招商银行的网银，8月30日超级网银刚上线，我就去办理了，但是当天只有中国银行能办理，其他几家银行还不能办。后来过了几天，其他银行也陆续可以办理了，但是每办理一次超级网银，就要跑一家银行，相当麻烦。”不过，这厢麻烦刚完，那厢麻烦刚开始，“每家银行对于超级网银的接入口的称呼都不一样，中国银行的叫‘跨行互联’，招商银行的叫‘协议查询账户’，这样一来就很麻烦，我第一次使用的时候都是边打银行客服电话，边上网操作。用过很多次以后还是记不住，如果能把名称统一起来对于客户来说就方便很多了。”
