合同结构是指合同各个组成部分的排列、组合和搭配形式。合同通常由三部分组成，即首部、内容、结尾。首部一般包括标题、合同编号、双方当事人名称、住所、邮政编码、法定代表人、电话、传真、电子信箱、开户行、账号等；内容一般包括签订合同的依据和目的(常见的鉴于条款)、标的物、数量和质量、价款或酬金、履行方式、地点和期限、违约责任、合同生效及终止、不可抗力、争议的解决方式、法律适用、保密、权利放弃、权利转让、继承者和受让人、修订、可分割性、全部协议(常见的取代条款)、未尽事宜、通知、合同正副本份数及保存、附件等；合同结尾一般包括签约单位盖章及签约单位授权代表签字、签约时间、签约地点等。
实践中，严格按上述顺序排列的合同并不多见，对一般条款或通用条款如不可抗力、争议的解决方式、法律适用、保密、通知，大部分合同均未叙述。
合同内容繁多，并无固定模式，如何编排，取决于律师个人习惯、经验和对合同所涉事项的精湛理解乃至律师的心境和态度。
合同各方的权利和义务无疑是合同内容重中之重，笔者的经验是以各方权利和义务为中心编排合同其它内容，通常做法是：在对合同标的物、数量和质量、价款或酬金、履行方式、地点和期限等合同必备条款进行叙述后，采取专章的形式对各方权利与义务进行界定，然后就是各方的保证和承诺，紧接着就是违约责任条款及争议解决方式，其他条款统统放在合同后半段或以“一般规定”作单章叙述。这样做有三个好处，一是能抓住重点，二是叙述方便，三是能够保证合同整体框架的协调。
追求合同结构合理性就是要让合同整体框架协调、各条款功能互补，从而避免和减少合同条款之间的矛盾和歧义。
