转变经济发展方式，关键在于自主创新，核心是知识产权，咖啡产业也不例外。近年来，云南咖啡产业发展迅猛，“后谷”、“云潞”、“云咖”等十几个云南本土品牌如雨后春笋般涌现，咖啡龙头企业通过专利、商标战略逐步提升产业竞争力；2010年，云南“保山小粒咖啡”地理标志产品保护顺利通过国家质检总局专家评审；2011年，云南省率先在全国出台《咖啡产业发展规划（2010—2020）》，规划提出组建云南咖啡产业技术创新战略联盟，云南咖啡产业依托自主知识产权呈蓄势待发之势。
云南咖啡种植面积和产量都占到全国98%以上，主要产于云南省保山市、德宏州和普洱市三地，由于气候和海拔高度的原因，在我国，能够种植优质咖啡的地方基本集中在云南。
但从总体看，云南省咖啡产业仍属起步阶段，产业规模小、产业链短、附加值低、竞争力不强，产业升级势在必行。云南省《咖啡产业发展规划（2010—2020）》提出，从种植、加工两大关键环节入手，进一步完善咖啡技术、产品标准体系，推进质量认证和监控体系建设，提高咖啡标准化生产水平；鼓励省内外高校、科研单位、企业以技术开发、技术咨询、技术入股、技术转让等形式，到咖啡产区开展科技服务和开发，加快咖啡产业的技术开发和科技成果的转化。
云南后谷咖啡公司是我国咖啡行业中的国家级重点龙头企业，2007年被列入云南省百户知识产权试点示范企业，作为中国咖啡市场上第一本土咖啡品牌，其自主知识产权成果也走在同行前列。
近年来，公司通过加大研发力度，先后提交了多件发明专利申请，其中已获得授权的“鲜果咖啡的制作工艺”正积极推广运用，而发明专利申请“咖啡豆焙炒炉和焙炒方法”已经进入实质审查阶段。据后谷咖啡公司相关负责人介绍，“咖啡豆焙炒炉和焙炒方法”已经全面运用于3000吨深加工生产线，日前建成投产的1万吨深加工生产线也将全面运用该项技术。该技术的运用，大大提高了后谷咖啡深加工生产线的生产效率，为后谷咖啡品牌拓展提供了强大的技术支撑。
云南保山小粒咖啡具备世界顶级品质。2009年，保山市政府及时成立了保山小粒咖啡地理标志产品保护申报管理委员会，启动了地理标志申报管理机制，在全国首家申报小粒咖啡地理标志产品保护工作。2010年12月，经国家质检总局审核，决定对“保山小粒咖啡”实施国家地理标志产品保护，标志着保山市将全力依托知识产权发展咖啡产业。
据统计，保山拥有咖啡深加工企业云潞咖啡公司、景兰公司、天力咖啡公司3家。景兰公司承担着“保山市党政一把手科技工程”“保山小粒咖啡产业化科技开发示范”项目的实施，目前，该项目着力建设保山咖啡试验基地和咖啡新品种引进试验，将成为保山小粒咖啡实现技术创新的突破口。
云南拥有“后谷”、“云岭”、“北归”、“云啡”、“桑莱特”、“云潞”、“驼峰”等多种咖啡品牌。
2005年，“后谷”咖啡获云南省著名商标称号，由此打响了本土咖啡品牌打造的第一枪，成为德宏州重点扶持品牌，走上实施品牌战略的道路。此后，后谷咖啡公司全力以赴，投资1.1亿元，于2008年建成当时国内最大的3000吨速溶咖啡生产线，改变以低附加值原料出口为主的产业现状；2011年5月27日，后谷咖啡“万吨速溶咖啡生产线建成投产”，将速溶咖啡年生产能力提升到1.3万吨，这是后谷咖啡一个重大而漂亮的自我超越。在此期间，后谷咖啡声名鹊起，深加工产品迅速打开了国际市场，远销北美、南亚、中东、欧盟等地区。后谷咖啡公司董事长熊相入表示，在未来的品牌战略上，在扩大成品出口的同时，通过咖啡吧、咖啡超市、自动咖啡机三位一体的经营方式打开国内庞大的市场，最终让“后谷”咖啡这一民族品牌走向全国、走向世界。
2010年，云南咖啡厂的“云啡”牌速溶咖啡陆续摆上昆明家乐福、沃尔玛等大型超市的货架。截至目前，“云咖”咖啡成品在云南省内已经上了200多家超市和卖场，而在省外，江浙、两广等地区的品牌拓展也进展顺利。
