（1）公诉机关指控被告人侵犯商业秘密的举证难。这种举证难主要表现在两个方面：一方面表现为权利人的不配合。往往权利人对其拥有的商业秘密不愿提供作为证据，更不愿将技术信息送关相关部门进行鉴定，这就造成行为人侵犯商业秘密证据上存在问题。确实在侵犯商业秘密罪的诉讼中，不可避免地会有许多人介入并知悉商业秘密，如法官、公诉人、辩护人、鉴定人、书记员、法警等，如果这类人员擅自披露或者使用该商业秘密，同样会形成商业秘密的第二次侵害。权利人的这种顾虑是可以理解的，笔者认为，可以规定上述人员的保密义务和失密责任，打消权利人的这种顾虑，并让权利人知道只有通过打击犯罪才能更全面有效地保护商业秘密。另一方面表现为公安机关调查取证难。商业秘密是一种未经登记的依靠权利人通过保密方式予以保持的无形资产，具有秘密性、隐蔽性等特点。但是随着电子网络的飞快发展，行为人侵犯商业秘密行为的隐蔽性在不断地增强，很多侵犯商业秘密的行为通过网络传输，犯罪分子作案后一般都会将泄露的资料进行处理，由于电子证据通过网络传播的易灭失性和隐蔽性，给公安机关在取证和证据保全上带来很大的问题。在民事诉讼中，最高人民法院为解决商业秘密举证难问题，在《关于全国部分法院知识产权审判工作座谈会纪要》中肯定了“举证责任倒置”的原则，即决定由被告对获取商业秘密途径或者方式进行举证，如果“被告不能提供或拒不提供其所使用的信息系合法获得或使用”的证据，则可认定被告有侵权行为。显然，这种举证责任倒置的推定方式不能适用于刑事诉讼。在刑事诉讼中，公安机关有“收集能够证实犯罪嫌疑人有罪或者无罪，犯罪情节轻重的各种证据”的职责，如果公安机关无法收集被告人有罪的证据，根据我国现行刑法“无罪推定”的原则，不应当认定被告人有罪和科以刑罚。权利人只能通过民事途径要求行为人承担侵权的民事责任。
（2）对行为人泄露的信息是否属商业秘密的鉴定问题。笔者认为，如果具备鉴定的条件的话，有关技术信息应当委托专业权威部门进行鉴定。因为在审查行为人泄露的技术信息是否属商业秘密时，往往会涉及很复杂的技术问题，法官对这类专业技术又知之甚少，如何来认定该专业技术属商业秘密，仅凭法官的主观推断和简单比较吗？那是绝对不可以的。在这种情况下，专业权威的鉴定就显得尤为重要。因为专业人员对专业技术的国内外最新情况比较了解，其通过对资料检索并进行对比分析后得出的结论，具有一定的科学性和客观性。如果不进行权威鉴定，如何达到刑事案件“证据确实、充分”的要求？进行鉴定也并非意味着法官对鉴定结论必须全盘采信。法官是中立裁判者，据以定案的鉴定结论必须进行当庭质证并听取双方意见后，结合其他证据进行全面审查判断后决定是否采信。
（二）、关于损失的计算问题。我国刑法规定“给商业秘密的权利人造成重大损失”才构成犯罪，如何认定“重大损失”、什么是“重大损失”便成为区分罪与非罪的关键。“造成重大损失”是构成侵犯商业秘密罪必备要件。在刑事诉讼中，重大损失一般是指被害人由于犯罪人的犯罪行为而遭受的物质损失，就侵犯商业秘密而言，刑法未对“重大损失”的含义明确界定和说明。在司法实践中，商业秘密的“重大损失”的计算大致有以下几种：
（1）以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑的依据。商业秘密一旦被泄露，权利人的损失往往是无法弥补的。在刑事审判中普遍认为这种损失应当指实际损失，而实际损失既包括直接损失和权利人必然失去的现实利益。而且侵犯商业秘密给权利人造成的损失不能仅仅以数额为标准，应当在重点考虑研制开发成本、利用周期、成熟程度、市场前景等直接因素的基础上，综合考虑各种相关因素，如竞争优势地位的丧失、商业信誉的下降等。
（2）以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失。这种损失的计算以侵权人未再向他人泄露为前提。对于将商业秘密出卖给他人的，以其出卖收入加上买受人使用后的获利额为损失额；使用商业秘密进行生产经营活动的，以其获得的利润为损失额。在计算侵权人所获得的利润时，不能简单地以销售额为获利额，也不能以已生产的产品总价款乘以平均利润率为获利额。一般情况下，以销售额乘以平均利润率为获利额较为妥当。
（3）以不低于商业秘密使用许可的合理使用费作为损失。这是一种以正常许可使用的费用推定损失额的计算法，但并不意味着侵权人就此取得了该商业秘密的合法使用权。同时值得一提的是，这也不是简单地将商业秘密的自身价值等同于损失。商业秘密是无形财产，其与有形财产有重大区别。侵权人使用商业秘密的同时，并没有排斥合法权利人的使用。况且，大多数情况下，侵权人实施盗窃等不法行为取得商业秘密后，不久就被发现、制止，给被害人造成的损失远远小于商业秘密自身的价值。
侵犯商业秘密罪与假冒注册商标罪、假冒专利罪、侵犯著作权罪有相似之处，都侵犯了知识产权，主要区别在于：首先，本罪侵犯的是商业秘密；而其他犯罪侵犯的是商标权、专利权与著作权。其次，本罪行为主要表现为以不法手段获取商业秘密，或者非法披露、使用或允许他人使用商业秘密；而其他犯罪主要表现为假冒行为。对于以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取他人商业秘密，然后使用该商业秘密制造产品并假冒他人注册商标的，原则上应以数罪论处。对于单纯非法使用他人商业秘密制造产品并假冒他人注册商标的，应认定为一行为触犯了数罪名，以一个重罪论处。
公司、企业工作人员因为职务或者业务知悉商业秘密内容后，擅自将商业秘密出卖给他人，并将非法所得据为已有或者使第三者所有的，似应根据情节与主体身份，认定为贪污罪或者职务侵占罪。
