竞业禁止发展至今，已经为很多企业运用，但还是存在一些问题。首先就是针对对象不明确。从竞业禁止的对象上看，主要针对公司企业的五类关键岗位员工：第一，高层管理者;第二，技术研发人员;第三，高级营销人员(直接掌握着大量的客户资源);第四，重要管理岗位的人员，如HR、财务管理、法务管理人员，许多公司关键资料都在他们那里;第五，重要信息员，企业内的各种调研数据等都掌握在他们手里，这主要是针对咨询行业来说。
而目前多数企业仅注意到与高层管理者和技术核心研发人员来签订竞业禁止合同，对于其他几类人群，并没有给予应有的重视。
还有些企业走上另一极端，让所有员工都签署竞业禁止合同，对于非重要岗位的员工来说，签订这种合同反而阻碍了人员的顺畅流通。据韩智力介绍，目前有很多企业的竞业禁止合同都是以“范本”形式出现，从老总到普通员工全都签同一模式的条款，这样的合同签了等于没签;另外，对于在工作中不可能接触到任何经营机密、商业秘密的员工，即使签订了竞业禁止契约，也应当属无效。?
竞业禁止实际上是对企业的保护条款，它保护的是企业利益。而这一点与以往《劳动法》所主要保护的劳动者的利益是不同的。但可惜的是，仍有大量的企业对这一有效的自我保护手段重视不够。
用友软件人力资源部主管李宏飞说，由于对该合同内容的不了解，很多企业在合同制定时就不够完善，执行时漏洞就更多。许多企业与职工签订的竞业禁止合同都属于无效合同，造成企业在追究员工及其新单位的相关责任时，取证困难，使得很多案件最后都是不了了之。
企业在运用竞业禁止条款进行自我保护时，要注意以下几个问题：
第一，有相应规定或协议的企业，一定要将条款尽量细化。在条款设置时要考虑全面，将所有可能性都考虑进去，落实到纸面上。
第二，明确竞业补偿金问题。获得补偿是执行竞业禁止条款的前提。有部分企业对于竞业补偿金的问题上常与职工产生矛盾，往往在员工离职后不愿支付相应的竞业补偿金。可一旦发生纠纷，员工就可以企业未支付补偿金为由自由离职。关于竞业补偿金，法律上并没有明文规定支付的具体金额。《中关村科技园区条例》规定，员工的年竞业补偿金不得低于上年工资的1/2。
第四，在员工入职、进入核心岗位之前就应该与其签订竞业禁止合同，而不是在其提出离职后再补签。
