对于保密申请的修改主要遵循以下几个原则：
（3）、进一步优化、改进和完善保密申请的处理流程。
与专利法实施细则相适应的修改：新的专利法实施细则，对专利申请是否涉及国家安全或者国家重大利益需要保密的审查范围和审查方式均进行了大的修改：
（1） 将由国务院有关主管部门确定专利申请是否涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密，修改为由专利局审查确定。
（2） 将原细则中只针对发明专利申请进行保密审查，扩展为对发明和实用新型专利申请均进行保密审查。
针对专利法实施细则的上述规定，新《专利审查指南》对原指南第五部分第五章进行了适应性修改，在保密请求的提出一节增加了申请人认为其实用新型专利申请涉及国家安全或者重大利益需要保密的，也可以在提出专利申请的同时或者实用新型专利申请进入授权公告准备之前提出保密请求的规定；在保密的确定一节规定，发明或者实用新型内容涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益的，由专利局进行保密确定，必要时可以邀请相关领域的技术专家协助确定。
由于专利法实施细则中规定，保密确定由专利局进行，解密确定也相应地应当由专利局进行。因此，本章对解密的程序也进行了修改：“专利局对提出解密请求的保密专利申请（或专利）进行解密确定，并将结果通知申请人。”“专利局每两年对保密专利申请（或专利）进行一次复查，经复查认为不需要继续保密的，通知申请人予以解密。”
为了便于在实际审查中执行专利法实施细则的规定，本章对申请人已得知其申请的内容需要保密时应当履行的行为进行了具体规定。例如，申请人在提出保密请求之前已确定其申请的内容涉及国家安全或者重大利益需要保密的，应当提交有关部门确定密级的相关文件。提出保密请求时提交了有关部门确定密级的相关文件的，申请人（或专利权人）提出解密请求时，应当附具原确定密级的部门同意解密的证明文件。
与其他相关规定相适应的修改：根据《计算机信息系统国际联网保密管理规定》，可能涉密的信息不能在互联网上传输，应当以纸件形式递交。因此，在本章修改中，写入了只能以纸件形式提交有保密请求的专利申请的内容，并且规定，以电子文件形式提交的专利申请，如果经专利局审查认为该申请涉及国家安全或者重大利益需要保密，应当将该专利申请转为纸件形式并通知申请人。申请人此后应当以纸件形式向专利局或国防专利局递交各种文件，不得通过电子专利申请系统提交文件。
优化审查程序、规范审查操作行为的修改：随着专利局审查电子化程度的提高，原有基于纸件文档管理的规定已经与现有的审查管理方式不相适应，因此在本次《专利审查指南》的修改中，对原有的基于纸件文档管理的内容进行了删除。例如“建立保密案卷位置状态卡，在计算机系统中作出处理”等内容。同时，为了更好地规范审查操作行为，避免给申请人带来歧义，对原指南中表述不准确的内容进行了修改。例如原指南中规定：“已有实质审查请求并缴纳实质审查费的，直接进入实质审查程序”，而在实际操作中，申请人提交实质审查请求并缴纳实质审查费后，审查员会对实质审查请求是否符合规定进行审查，不符合规定的，例如实质审查请求书无申请人（有代理机构的，为代理机构）签章的，仍然不能进入实质审查程序，此次将其修改为“实质审查请求符合规定的，直接进入实质审查程序”。
专利法第三次修改后，按照第20条第1款的规定，申请人向外国申请专利需要报经专利局进行保密审查。也就是说，专利局要对准备向外国申请专利的技术内容进行保密审查。专利法实施细则的第8条和第9条也对向外国申请专利保密审查请求的方式和专利局的保密审查程序进行了规定。基于专利法和实施细则的上述规定，此次《专利审查指南》修改在本章的第6节加入了向外国申请专利保密审查的相关内容，更详细地对实施细则第8条和第9条的规定予以解释。
在本章的第6节的开头，引入了专利法及其实施细则的相关规定，并对实施细则中规定的“向外国申请专利或者向有关国外机构提交专利国际申请”进行了解释：“所述的向外国申请专利是指向外国国家或外国政府间专利合作组织设立的专利主管机构提交专利申请，向有关国外机构提交专利国际申请是指向作为PCT受理局的外国国家或外国政府间专利合作组织设立的专利主管机构或世界知识产权组织国际局提交专利国际申请。”
根据专利法实施细则第8条规定的3种向外国申请请求模式，此次《专利审查指南》修改更详细地规定了提出向外国申请专利保密审查请求需提交的文件和格式。
对于准备直接向外国申请专利的保密审查请求，修改后的《专利审查指南》规定，向外国申请专利保密审查请求的文件应当包括向外国申请专利保密审查请求书和技术方案说明书。请求书和技术方案说明书应当使用中文，请求人可以同时提交相应的外文文本供审查员参考。技术方案说明书应当与向外国申请专利的内容一致。技术方案说明书可以参照专利法实施细则第十七条的规定撰写，并符合本部分第一章的其他规定。
对于申请专利后拟向外国申请专利的保密审查请求，申请人只需在提交专利申请时或提交专利申请后提交向外国申请专利保密审查请求书即可。申请人在提交申请的同时提交向外国申请专利保密审查请求书的，只须填写发明或实用新型名称、申请人姓名或名称即可；申请人在提交申请之后提交向外国申请专利保密审查请求书的，只须填写发明或实用新型名称、申请人姓名或名称，并注明专利申请号即可。
向专利局PCT受理局提交国际申请的，即视为提出了向外国申请专利保密审查请求。此处需要特别提醒注意的是，只有有资格向中国国家知识产权局提出国际申请的申请人向专利局提交国际申请的，才视为同时提出向外国申请专利保密审查请求。例如，对于外国公司的研发机构在中国完成的发明创造，如果以外国申请人的名义向中国国家知识产权局专利局提交专利国际申请，但由于申请人资格的问题，中国专利局将不作受理审查，而是将申请文件直接转交国际局。对于此种情况，不视为提出了保密审查请求，申请人必须提交单独的保密审查请求文件，即单独的向外国申请专利保密审查请求书和技术方案说明书，并将该请求文件递交到专利局受理处，经保密审查允许向外国申请专利后，才能递交国际申请。
根据专利法实施细则第9条规定的向外国申请专利保密请求的审查程序，修改后的《专利审查指南》予以细化，明确了在专利局收到向外国申请专利保密审查请求文件之后，会立即启动审查，并可能作出“文件不符合规定导致保密审查请求视为未提出”、“明显不需要保密允许向外国申请专利”、“可能涉及国家安全或者重大利益暂缓向外国申请专利”3种结论。对于这3种结论，审查员在审查后均会发出“向外国申请专利保密审查意见通知书”，及时通知申请人。
根据专利法实施细则第9条第2款的规定，修改后的《专利审查指南》进一步明确，对于暂缓向外国申请专利的专利申请或技术方案，审查员会作进一步保密审查，必要时邀请相关领域的技术专家进行审查，并发出“向外国申请专利保密审查决定”。
根据专利法实施细则第9条的规定，申请人自提交日起4个月内未收到首次保密审查意见通知，或首次暂缓后自提交日起6个月内未收到保密审查决定，视为允许向外国申请专利。对于此规定，修改后的《专利审查指南》给出“申请人未收到通知或决定”的明确解释：“专利法实施细则第九条所称申请人未在其请求递交日起四个月或六个月内收到相应通知或决定，是指专利局发出相应通知或决定的推定收到日未在规定期限内。”
对于国际申请的保密审查，修改后的《专利审查指南》与专利合作条约的规定相适应地作出了相关规定：“国际申请不需要保密的，审查员应当按照正常国际阶段程序进行处理。国际申请需要保密的，审查员应当自申请日起三个月内发出因国家安全原因不再传送登记本和检索本的通知书，通知申请人和国际局该申请将不再作为国际申请处理，终止国际阶段程序。申请人收到上述通知的，不得就该申请的内容向外国申请专利。”（李莉）
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