但是，进入破产重整程序的债务人，主要不在于管理财产，而是管理好债务人的经营业务，特别是要制定和执行重整计划，其职责比破产清算复杂得多。因此，企业破产法对进入重整程序的管理人有了不同规定。企业破产法第73条规定“在重整期间，经债务人申请，人民法院批准，债务人可以在管理人的监督下管理财产和营业事务”。第80条规定“债务人自行管理财产和营业事务的，由债务人制作重整计划草案”。该条也提出“管理人负责管理财产和营业事务的，由管理人制作重整计划”。这就是说根据重整与破产清算的不同，企业破产法对管理人的职责有不同的规定。
对于进入重整程序的债务人(尤其是上市公司作为债务人情形)，应该由什么人担任管理人是一个值得探讨的问题。
美国破产法第1104规定，“对于进入破产重整程序的债务人，原则上法院不指派管理人，除非债务人有严重的欺诈违法行为”。美国破产法之所以这样规定，是因为严格区分重整程序与破产清算程序。重整程序的中心是继续经营债务人的业务，并负责重整计划的拟定和执行，而熟悉债务人经营业务的是债务人自己。在美国公司重整的实践中，由债务人继续经营的重整程序，其成功率要远远高于由外来管理人管理经营的情况。因此，美国的法院尽量避免以外部管理人来代替债务人，即使债务人(或债务人的领导机构)曾有过欺诈行为，如果法院认为这种行为在整顿期间不会再重复，则法院也不一定要任命管理人。
在德国，债务企业进入破产程序后，由法院指定管理人接管债务人的财产管理和经营业务。但是，在德国有“职业管理人”制度，德国的职业管理人要经过六种专业资格考试，并具有丰富的经营管理经验。严格限定须通过专业考试、具有管理经验并获得职业管理人资格的主体，才能担任管理人，一般的中介机构不能担任管理人。
2007年10月最高人民法院民二庭与证监会法律部、上市公司监管部在昆山联合召开研讨会，专门讨论上市公司实施破产重整的有关问题，其中重点讨论了上市公司管理人制度。讨论的结论是：根据我国的实际情况，并参考国际经验，上市公司进入重整程序后，由主导重组的机构与其他机构组成清算组担任管理人。
从实践来看，由清算组担任管理人，社会效果是比较好的。上市公司重整一般都由债务人的控股股东或控股股东的主管部门主导;如果是国有控股企业，是由实际控制人(即国资委)或市政府主导;民营企业则由其控股股东主导或由政府主导。在进入司法程序之前，主导重组的机构就已聘请财务顾问(负责拟定重整计划)，和法律顾问(负责为重整计划提供法律意见)。在主导重组机构的主持下，以财务顾问为主，法律顾问配合，依据评估机构提供的资产评估和偿债能力分析报告，在协调和平衡各利益相关方的基础上，拟定重整计划草案初稿。然后与债权人、股东以及重组方反复协调，修改和调整计划，使重整计划草案获得各个利益相关方的认同和支持，然后向法院申请进入重整程序。进入重整程序后，由主导重组机构为主和有关部门派出的成员以及财务顾问、法律顾问组成的清算组转为管理人，实践效果是比较理想的。
为什么要由主导重组的机构为主组成的清算组担任管理人?因为重整是一项极为复杂的协调工作，主导重组的机构不仅需要具有协调重整中各种复杂的利益关系的能力和威望，而且具有重组资源，而中介机构不具备这些条件。比如：
1、与债权人协调。我国的银行，尤其是国家控股银行，都是一级法人，银行减免债务需经总行风险管理部(或资产保全部)审查，并经首席风险官或主管的副行长批准;一般中介机构不具有与这个层次的管理部门协调的能力和威望。
2、企业职工的安置，尤其是国有控股的上市公司，往往对职工有历史欠账，需要政府动用资源才可能妥善解决安置问题。
3、吸引重组方。为吸引重组方，往往需要主导重组的机构提供一些资源，如送股、提供优惠政策，如税收、土地等。
4、债务人的经营方案需要实际控制人与重组方商定，等等。
