事件的缘由要追溯到2000年4月中旬，弋阳县国税局局长办公会研究决定，由县局领导带队，组成检查小组，对柏林公司1999年度缴纳增值税的情况进行检查。为了便于开展工作，4月29日，上饶市国税稽查局下达了《委托稽查通知书》，并根据《税收征管法实施细则》之规定，明确指出：重大案件可追溯到以前年度。
在检查中，稽查小组发现柏林公司在增值税缴纳方面存在疑点：一是留抵数额偏大，1996年、1997年、1998年三年应缴税款均为负数，到1998年底留抵数已达136.7万元，有些不正常；二是该公司职工多次反映公司从1996年以来有大量的产品报废现象，仅1997年发往德国汉堡斯特坦公司的橘子罐头因质量问题就报废157吨；三是柏林公司不能提供生产日报表和仓库保管账。
拥有自营出口权的企业连账目都不健全，令弋阳县国税局工作人员难以置信。不仅如此，从1996年起至2000年4月30日，该公司实现销售收入2838万元，应缴增值税37.7万元，年平均纳税8.7万元，税负率仅1.33％，而在此期间，该公司却享受了出口退税150余万元。
2000年5月8日，弋阳县国税局局长徐国华接到举报，反映柏林公司有严重偷税问题：一是柏林公司销往珠海市某公司的罐头销售收入未列账反映，有偷税行为；二是与浙江省黄岩罐头厂联营期间涉嫌偷税。对此，弋阳县国税局当天召开了局长办公会决定由稽查小组一并进行稽查。
1996年9月30日，柏林公司与浙江省黄岩罐头二厂（以下简称黄罐二厂）签订联营协议，以“江西柏林实业有限公司罐头食品厂”的名称联合生产罐头，由柏林公司申报纳税。黄罐二厂在联营期间从联营体提取过各类罐头。依据这一线索，稽查小组人员前往浙江黄岩调查取证。从黄罐二厂所取得的证据材料证明：黄罐二厂从联营体提取的各类罐头中，柏林公司未开具任何发票给黄罐二厂及其他有关单位，也未在财务上反映销售收入。依据我国税法之规定，黄罐二厂从联营体的仓库提取的橘子、马蹄罐头，柏林公司已发生纳税义务。按当时市场价计算，稽查人员认定柏林公司偷税50.6万元。
稽查人员于2000年7月27日将稽查情况告知了柏林公司，要求其积极配合，予以核实。但柏林公司并未理会。经上饶市国税稽查局和弋阳县国税稽查局多次审理，认定柏林公司偷税78.4万元，并于8月23日向柏林公司发出了《税务处理决定书》，同时还查出该公司报废及去向不明的产品未作财务处理、应缴税金未申报纳税等，涉嫌偷税82.9万元，并于2000年8月30日向柏林公司发出了《责成说明通知书》。
2000年5月9日下午2时许，弋阳县国税局稽查小组进入柏林公司，对该公司进行税务检查和实物盘点。柏林公司法定代表人柏林听说要盘库，很不高兴，在盘库过程中不予配合。
经过数月的内查外调之后，上饶市国税稽查局先后向柏林公司发出了《限期缴纳通知书》和《纳税担保通知书》，但柏林公司仍置之不理。受上饶市国税稽查局的委托，根据有关规定，弋阳县国税局于2000年9月7日提请中行、农行、工行弋阳支行和城市信用社等5家银行暂停支付相当于柏林公司所偷税款及滞纳金的存款。其后，柏林公司以不服税务机关行政处罚为由，向上饶地区中级人民法院递交了行政诉讼状，将上饶市国税局、弋阳县国税局推上了被告席。
2000年9月19日，上饶地区中级人民法院在发出要求弋阳县国税局《应诉通知书》的当天，就作出了行政裁定，裁定要求弋阳县国税局停止冻结柏林公司银行账号的行为。就在这一天，上饶市中级人民法院解除了中行弋阳县支行等银行的税收保全措施，取消了暂停支付柏林公司存款的决定。9月18日，柏林公司的全部银行账户恢复正常使用。
在弋阳县政府的大力支持下，9月20日，弋阳县国税局终于把柏林公司已到中行弋阳支行的32.55万元款项扣缴入库，而其余所偷税款及滞纳金共计147.06万元至今没有入库。
江西省弋阳县葛溪乡私营企业主柏林，因其当年曾经养鸡30万羽，而被誉为“华东鸡王”。1994年，柏林租赁经营江西省上饶地区外贸罐头厂，组建江西省柏林实业有限公司，是生产水果、蔬菜、肉类和笋尖罐头为主的农副产品加工厂。1997年底，该公司获得自营出口权后，产品出口至七八个国家和地区。创外汇98.8万美元，在当地同行业中享有一定名气。
“柏林税案”事发后，某报记者撰写了一篇严重失实的报道在《江西日报。情况反映》中刊出。在几千字文章中，全是柏林的一面之词，该文反复强调：由于弋阳县国税局在去年5月调走公司账簿后，生产经营因此无法进行，公司被迫全面停产，198名职工从6月份以来待岗，没有拿到分文工资，因停产而给公司造成直接损失150万元。之后该记者又以《变味检查整垮企业 柏林公司何日复产》为题撰写了一份内参材料。
对媒体反映的这些问题，江西省纪律检查委员会等几家部门组成了联合调查小组，进行了为期10天的专项调查，调查结果认为：对柏林公司进行税务检查，是国税机关根据工作需要安排的，调查中未发现税务人员有违法违纪问题。
同时，江西省纪检委也作出了“新闻媒体报道中反映的江西柏林实业有限公司遭弋阳县国税局打击报复、滥征税款，致使该公司被迫停产的问题，经我们调查，与事实不符”的结论。
据悉，2000年12月21日，上饶市国税局已将柏林公司偷税一案移送上饶市公安局。2001年1月2日，上饶市公安局对柏林公司涉嫌偷税问题正式立案侦查。
