对医疗损害赔偿纠纷法律关系性质的分析定位了因其权益争议产生的纠纷责任是民事责任，民事责任作为一种法律责任是法律关系主体违反义务应承担的终极性法律后果。由于法律责任本身所具有的其他责任方式无法与之相提并论的法律强制性，使医疗纠纷责任承担的确定对医患关系双方当事人的权利救济具有重要意义。故对作为民事责任制度核心内容的归责原则之选择在审理此类纠纷案件中显得尤为重要。所谓归责原则，是归责的规则，也就是确定行为人的民事责任的根据和标准，是责任的核心问题。
我国民法确定了侵权责任的归责原则为过错责任原则，所谓过错责任原则，也叫过失责任原则。它是以行为人主观上的过错为承担民事责任的基本条件的认定责任的准则。按过错责任原则，行为仅在有过错的情况下，才承担民事责任。没有过错，就不承担民事责任。医疗损害侵权责任的归责原则是过错责任原则。过错责任原则一般是采用“谁主张，谁举证”的原则，在特殊情况下也采用举证责任倒置的方法，由加害人负举证证明其主观上无过错，若不能完成举证，则推定其存在过错而承担民事责任，此即推定过错责任原则。《关于民事诉讼证据的若干规定》（以下简称《规定》）确定了医疗损害赔偿纠纷案件适用举证责任倒置也就同时确定了医疗损害赔偿纠纷适用推定过错责任原则。所谓推定过错责任，就是在行为人不能证明他们没有过错的情况下，推定其为有过错即应承担赔偿损害责任。“推定过错责任”，实际上属于过错责任范畴，只是在无法判明过错的情况下，为保护受害人的合法权利，根据有关人与造成损害的人或物的管属关系和对之应尽的注意义务或享有的利益，在其不能证明没有过错的情况下，认定其有过错并承担责任。
我国医疗事故的侵权责任采用推定过错原则，一方面是因为医疗技术的复杂性、专业性，确定医疗行为的过错与因果关系较为困难，为保护患者的合法权益，需要借助推定过错原则来认定行为人的过错；另一方面是患者作为个人不具备医学专业知识，而医方更了解损害事实发生的原因，让其举证有利于查清事实，从而决定责任的归属。举证责任倒置是推定过错责任的显著特征，由于举证责任倒置也使医疗事故损害赔偿纠纷由过错责任原则转变为推定过错责任原则，过错责任原则与推定过错责任原则的区别之处主要在于举证责任的分配上有所区别，其他的归责原则的内容与过错责任原则基本上是相同的，推定过错责任原则实际上是过错责任原则的发展，在责任的构成要件上，二者均以过错作为确定责任的最终依据。
二者的区别有以下三点：其一，过错推定责任原则实行举证责任倒置，并且是过错推定责任原则的重要特点；其二，在过错责任原则中，可以根据双方的过错责任程度来确定双方承担的责任，而在过错推定的情况下，过错是被推定的，过错本身具有一定的或然性，过错的程度很难确定，也不容易确定过错的等级；其三，在过错推定中，由于过错是推定的，因此很难推定出被告的过错程度，并与原告的过错进行比较，特别是在特殊侵权行为责任中，受害人的过错一般存在，常常并不能推翻对行为人的过错推定，除非行为人能够证明，损害完全是由受害人的行为造成的，这也是从保护受害人利益考虑的，很大程度上加重了加害人的责任。
审判实践中较难解决的难题是在推定过错责任原则情况下，行为人的过错是被推定的，过错本身具有一定的或然性，难以准确认定过错的程度。此外，正如前文所述医患类纠纷的案由应根据当事人的诉因而确定，举证责任倒置和推定过错责任原则，仅适用于医疗损害赔偿纠纷案件。而医疗服务合同纠纷案件及其他医患类纠纷案件仍应适用“谁主张，谁举证”举证责任和过错责任原则。涉及医疗过程中的意外事件和并发症等原因产生的纠纷还应考虑民法归责原则中的公平责任原则和无过错责任原则的适用。
