烟台大学法学院院长郭明瑞表示，按照目前医疗事故条例的规定，“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。”而按照最高人民法院人身损害赔偿司法解释规定，“因生命、健康、身体遭受侵害，赔偿权利人起诉请求赔偿义务人赔偿财产损失和精神损害的，人民法院应予受理。”医疗损害被分为医疗事故损害和非医疗事故损害，前者适用医疗事故处理条例，后者按照最高院的司法解释赔偿。
医疗事故处理条例中没有死亡赔偿金的规定，而最高院规定，按照受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入或者农村居民人均纯收入标准二十年计算死亡赔偿金，使得医疗事故性质更严重，但赔偿反而低，造成了不公平、不公正。
由于赔偿有差别，实践中，很多医疗纠纷的患者一方更愿意做司法鉴定。一位专家表示，这直接导致了医疗事故损害赔偿脱离了其他类型的侵权损害赔偿。
在最新通过的侵权责任法中，专章规定了医疗损害责任，规定“患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构及其医务人员有过错的，医疗机构都应承担赔偿责任”，专家认为这相当于废除了《医疗事故处理条例》的规定。
《医疗事故处理条例》在明年7月1日侵权责任法生效后是否应废止？在研讨会现场的全国人大 工委副主任王胜明表示，《医疗事故处理条例》目前仍有效，但医疗损害和医疗事故是不是两回事需要研究。
最高人民法院民一庭庭长杜万华表示，将按照侵权责任法的规定，制定医疗损害赔偿司法解释。另外，由于道路交通人身损害赔偿案件在法院的侵权案件中比重比较大，也将制定相关的司法解释。
