医疗事故处理部门应在调查、研究的基础上，最后做出对事故的处理意见。对不构成医疗事故的案件，应以书面形式详细地向患者及其家属说明情况和理由。对构成医疗事故的案件，则要根据《医疗事故处理条例》及其他法律法规的规定，责令医疗责任人员承担民事责任或行政责任，对构成医疗事故罪的，要依法追究其刑事责任。
医疗纠纷情况复杂，政策性强，医疗单位和卫生行政部门在接待和处理上必须严肃认真，做好各个环节的工作。
(1)接待：接待来访者的首要问题是使来访者建立起信赖感。无论有无医疗过失，都要向病人或家属表示慰问，态度诚恳热情，即使对方发怒或语言不逊，也要疏导、说服，切勿动怒。对初访者一定要耐心听，认真记，尽量多搜集与纠纷有关的材料，为开展调查提供依据。对问题不要轻易做肯定或否定的回答。来访者陈述意见时不要打断，不要插话或者做不必要的解释，防止误认为是包庇、袒护。最后必须根据事实做结论，只有周密的调查研究才能做出正确的分析判断。因此，病历、实物、现场需妥善保存和保护。
(2)尸体解剖：家属流露出对医疗过程有不满时，有关医务人员就要有所准备，病员死后书面通知并引导家属进行尸检。根据相关规定，尸检要由卫生行政部门认可的专门机构和有资格的人员进行，目的是分析诊断死因，查明有无过失，手术是否误伤器官等，为鉴定和处理争议提供客观依据。
(3)善后处理：善后处理一定要不徇私情，坚持原则，力求定性准确，处理恰当，结案迅速，不留尾巴。这就要争取病员或亲属的谅解、配合和支持，紧紧依靠当地政府和社会各有关部门。在达成协议的基础上最好履行公证手续，签订公证协议书，以免反复，使协议具有法律效力。
