依据最高人民法院《担保法司法解释》的有关规定，一般保证的债权人在保证期间届满前对债务人提起诉讼或者申请仲裁的，从判决或者仲裁裁决生效之日起，开始计算诉讼时效;连带责任保证的债权人在保证期间届满前要求保证人承担保证责任的，从债权人要求保证人承担保证责任之日起，开始计算保证合同的诉讼时效。
合同有效不同于合同无效。在合同有效的情况下，债权人对保证人的权利是保证债权，性质上属于合同约定的权利，其主张权利的诉讼时效期间自然应该受到合同约定的约束。如果在合同约定的保证期间内，没有要求保证人承担保证责任，由于保证期间的经过，债权人对保证人享有的权利归于消灭。若在该期间内，债权人主张了权利，依据最高法院的意见，保证期间的约定丧失其法律意义，其权利则罹于诉讼时效的约束。虽然该意见未必符合法理，但因其属于我国最高司法机关的意见，自该院以降，全国的审判机关，乃至仲裁机构，在司法实践中，均以该意见为依据进行裁判。
在保证合同无效的情形下，债权人对无效保证合同中的保证人的权利，并非来自于当事人之间的约定，而是来自于法律的规定，在性质上不再是约定权利而属法定权利之一种。该权利形成于合同的无效，因此该权利的诉讼时效本应从合同被确认为无效时开始起算。但这有可能带来另外一个问题，即在保证合同有效时，债权人的权利有可能由于保证期间的超过归于消灭，但在保证合同无效时，债权人仍可向无效合同的保证人主张赔偿责任。这样就会使债权人从无效保证合同获得的利益大于基于有效保证合同获得的利益。据此，在审判实践中，司法者往往继续赋予无效保证合同当事人约定的或者法律规定的保证期间以法律意义，以衡平各方当事人的利益。实务中，大家在处理无效保证合同的诉讼时效时的原则是“无效按照有效”处理。
1、一般保证与连带责任保证中，主张权利的方式不同，一般保证的保证人对债权人享有先诉抗辩权，除具备法律规定的情形外，债权人不得直接要求保证人承担保证责任，而应当在保证期间内对债务人提起诉讼或者申请仲裁，并就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务时，才可以要求保证人承担保证责任。因此，在保证期间内，债权人主张权利的方式，应区分一般保证与连带责任保证。在一般保证的情形下，债权人须在保证期间届满前对债务人提起诉讼或者申请仲裁，在判决或者裁决生效之日，才能起算一般保证债务的诉讼时效。一般保证的保证合同无效时，也应按此处理。连带责任保证，则无此要求，只要债权人在保证期间内，向保证人主张了权利即可。
2、主债务的诉讼时效对从债务诉讼时效的影响不同，一般保证的诉讼时效随着主债务的诉讼时效的中断、中止而中断中止，连带责任保证的诉讼时效与主债务的诉讼时效分别进行，其仅随主债务的诉讼时效中止而中止，但主债务诉讼时效中断对连带责任保证的诉讼时效不产生影响。在保证合同无效的情形下，也应按照此原则处理无效保证合同的诉讼时效。
3、保证期间的认定和推定，也应按照保证合同有效情形下的认定和推定原则处理。
