案件的争议焦点集中在三处：某医院对陈x菁的护理是否规范;抢救后对陈的补钙治疗是否有误;修改的病历是否真实可信?
申诉方(李x峰)认为某医院未尽到对新生儿进行喂养和指导喂养的护理责任，未履行特殊护理的义务。其机械推行母乳喂养规定，在母亲未开奶的情况下致使陈在出生48小时内未吃到任何食物，引发低血糖，长时间抽搐继而引发“缺血缺氧性脑病”，加之误诊误治，导致终身残疾。
申诉方和抗诉机关(最高人民检察院)认为陈x菁的“缺血缺氧性脑病”是某医院造成的。
而被申诉方(某医院)则认为陈x菁母亲是选择性剖腹产，他是正常新生儿，医院的护理诊疗行为符合技术规范，诊疗行为与疾病没有直接因果关系。母乳喂养的义务主体是婴儿的父母，医院的指导不具有约束力。在相同护理条件下“大双”正常，佐证“小双”并无饥饿，“小双”出现疾病，具有偶然性，难以防范。
李x峰认为，陈x菁之所以出现后来的重度脑瘫，完全是由饥饿引起的，根本不存在所谓的“低钙惊厥”病因，以补钙为主的治疗方案加重了病情。
抗诉书引述权威医学专著和教科书的观点证实，单纯的缺钙不会导致脑损伤，只有低血糖引起脑细胞能量供应障碍，才会导致脑损伤。并且“低血钙症可能是新生儿自身原因产生，而低血糖往往是外界因素如饥饿等原因造成。”
某医院则认为，陈x菁惊厥，脑内异常放电在先，多人参加的抢救治疗小组在短时间内从7到8种病因排查中认为是低钙血症，抽搐引起继发性低血糖，属于并发症。
而抗诉书认为从双方提供的证据看，陈x菁患低血糖的症状证据要大于低钙血症的症状证据。陈x菁分别于1996年5月31日和6月6日做过两次“生化一套”检验。前一次检验报告不翼而飞，后一次检验报告共有26项数据，第16项是“钙”的化验数据，第26项是“糖”。某医院将16项以下全部遮盖，以此复印件证据用于医疗事故鉴定。而最高检调查发现，6月6日生化检验报告的原件中陈x菁血钙正常，而血糖却大大低于正常指标。
某医院向法庭提供的病历记录是复印件且有多处不规范的修改，而且是关键部分：将陈x菁抽搐30分钟(足以造成脑瘫)涂改为5分钟;将《体温和护理记录》中母乳摄入量“00”左边的“0”涂掉，右边的“0”改为“8”等。而省市两级医疗事故鉴定报告所依据的资料，正是某医院提供的病历和检验报告复印件。抗诉书认为：对有分歧的证据，法院没有进行查证，就作出了判决，是违反法律相关规定的。
终审判决书“既没有判决认定的事实，也没有判决认定的理由，更没有对原告、被告提供的证据依法进行评判”，而仅仅以医疗事故鉴定报告作为被告不承担责任的证据，“实际上由该委员会履行了裁判权”，“这与宪法赋予人民法院独立审判权的规定相悖……”抗诉书对本案判决如是评价。
某医院认为，在今天回过头看1996年的病历是有瑕疵的。其修改关键在于是推卸责任还是书写技术不规范。医生的证言中介绍了病历修改的原因和过程。病历是真实可信的。
李x峰认为，医疗纠纷的依据是病史，还原病史的前提是建立在病历真实合法有效的基础上。医院到今天未提供原始病例，对复印件的真实性不认可。
法庭上还围绕“索赔315万元有无事实依据和法律依据，是否超出诉讼时效，原审有无违反法定程序、认定事实有无证据不足问题”等7个方面问题进行了举证、质证和辩论。经过一天审理，法官宣布本案将择日宣判。
新生儿患“缺氧缺血性脑病”引发一起旷日持久的医疗纠纷
1996年5月29日，陈x菁在安徽某医院(下称“某医院”)经剖腹产出生，是双胞胎中的“小双”，阿氏评分9分，为优良新生儿。陈x菁出生48小时，被护士洗澡后抱回病房时，李x峰(陈x菁奶奶)发现小孙子口唇青紫，四肢抖动、抽搐。值班医生抢救后将其转入儿科治疗。6月5日，某医院CT片显示：陈x菁患“缺氧缺血性脑病”，该院诊断“低钙惊厥”并进行相应治疗。6月13日，陈x菁出院，病情并未好转。至今，年满10岁的陈x菁仍是一个重度脑瘫、智力低下、生活不能自理的痴呆儿……
1998年8月10日，陈x菁代理人李x峰将某医院推上被告席，请求判令其赔偿医疗费、残疾人生活补助费、精神损害补偿金共计315万元。
合肥市医疗事故鉴定委员会1998年5月14日做出鉴定结论认为，不属于医疗事故。7月24日，有某医院3名专家参与的安徽省医疗事故鉴定委员会再次作出鉴定：“患儿仅住院15天，经治医生对患儿疾病的特殊性和预后的严重性认识不足，临床及辅助检查不全面，病史记录不及时，有些地方不够准确，产科对患儿喂奶关心指导不够，但上述诊疗行为缺陷与患儿目前症状无直接因果关系，不构成医疗事故。”
一审期间，司法部司法鉴定科学技术研究所作出“书证审查意见书”：鉴于医患双方在患儿当时是否“饥饿”问题上各执一词，建议由法院调查取证。但是至此案终审结束，法院也未将此重要事实调查清楚。
2000年9月，合肥中院民事判决认为原告方未提供充分证据证实陈x菁病情是由饥饿引起的，驳回其诉讼请求。2001年4月，安徽省高院二审维持原判。2006年2月5日，最高人民检察院会同安徽省人民检察院经过细致认真的调查，发出民事抗诉书认为此案判决“认定事实的主要证据不足、违反法定程序，可能影响案件正确判决、适用法律错误。”
