随着中医学理论框架的建立，治疗技术也得到相应的发展提高。在整体观念与辨证论治理论的指导下，中医学确立了一整套治疗原则。如治病求本、正治反治、扶正祛邪、标本缓急及调整阴阳等，《内经》中有较全面的论述。在治疗手段方面，《内经》提出了十几种治疗方法，如饮药、刺法、灸法、熏洗、热熨、吐纳、导引、按摩、食疗、意疗等等，而《伤寒杂病论》提出了除内服给药外的14种用药方法，即洗身法、药摩法、含咽法、着舌下法、点络法、坐浴法、坐药法、烟熏法、渍脚法、外擦法、蜜煎导法、搐鼻法、灌耳法、灰埋法。这都标志着当时的医疗技术已经发展到一个较高的水平。在当时诸多治疗方法中，饮药与针灸发展最快，取得的成就也最大。
由于辨证论治这一临床治疗体系的确立，药物疗法从单一的“对症治疗”发展为有规律的用药，并多采用按一定法度组成的复方，从而提高了治疗效果，也推动了对药物的深入研究。
药物研究方面的重大进展，主要表现为《神农本草经》的成书。
《神农本草经》记载了365种药物，并根据药物毒性的大小分为上、中、下三品：上品药无毒，主益气；中品药或有毒或无毒，主治病、补虚；下品药有毒，主除病邪、破积聚，不可久服。该书不但准确记载了每种药物的性能、主治，为临床用药提供了方便，而更重要的是提出了“四气五味”的药性理论，明确了“疗寒以热药，疗热以寒药”的用药原则，使药理学说与病理学说密切结合，使中医学理论体系更加充实。同时，该书提出单行、相须、相使、相畏、相恶、相反、相杀等“七情和合”的药物配伍理论，为组方提供了重要的理论依据。
药物理论的提高，促进了方剂的发展。虽《内经》仅载13方，而先于《内经》的《五十二病方》约载有方剂280余首。这些方剂是古代医学家治病经验的总结，反映了汉代以前的方剂学成就。然按照中医辨证论治理论组方疗病者，当推张机的《伤寒杂病论》。该书现分为两部分，其中《伤寒论》部分载方113首，《金匮要略》部分载方262首。去其重复者，实载方269首。张氏因证立法，以法组方，随方选药。所用方剂，君臣佐使，配伍谨严，疗效确凿，故被奉为“经方”。该书则被誉为“方书之祖”。
中医的针灸疗法早于药物疗法。针灸疗法约产生于新石器时期，春秋战国时期有了较快的发展。当时的许多著名医生都用针灸治疗疾病，如战国时期的扁鹊就善于针灸。他用针刺急救了虢太子的尸厥病，用砭石割除了秦武王面部之疾，等等。
《内经》中叙述治疗疾病也多用针灸。书中所载治病方法，除了用“毒药治其内”以外，还有九针、砭石、灸火芮（爇）等方法。对每一个具体疾病的治疗，绝大部分采用针刺，而用药仅有13方。《内经》对针灸理论及穴位的论述颇为详细，记载了365个腧穴（但实际计算与之不符），并提出“五俞穴”及十二原穴。对于刺法，特别强调补泻手法，提出逢时补泻（气来为泻，气去为补）、迎随补泻（迎为泻，随为补）、疾徐补泻（疾而徐为泻，徐而疾为补）、深浅补泻（深刺为泻，浅刺为补）、呼吸补泻（吸进呼退为泻，呼进吸退为补）、开阖补泻（开大针孔为泻，按闭针孔为补）、提插补泻（上提为泻，下按为补）等多种操作方法。
《内经》在积累了汉代以前针灸方面丰富经验的基础上，总结出一些实用理论，对后世针灸术的发展起了重要的奠基作用。
中医系统理论的形成促进了治疗技术的发展，而治疗技术的进步和药物方剂学的发展，医学教育|网搜集整理又进一步验证理论，修正理论，使中医理论能更好地指导临床实践。从战国至秦汉时期问世的《黄帝内经》、《难经》、《伤寒杂病论》、《神农本草经》等医学典籍所载的内容来看，此时的医学家们不但已构筑起中医学的理论框架，而且已卓有成效地运用了药物、针灸等治病技术，并善于理论联系临床实践，在临床实践中不断更新、完善医学理论，终于形成了中医学的理、法、方、药为一体的独特的医学理论体系。
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