先秦时期，学术空气空前活跃，出现了朴素的唯物辩证法思想。这些科学的思想渗透到中医学中，对其理论体系的形成产生了积极的影响。
古代哲学的精气学说对中医学理论体系的形成产生了重要的影响。战国时期，哲学家们认为世界上一切有形的东西都是由无形的精气（即气）变化而成的，即所谓“有形生于无形”，“气变而有形”。但这无形之气是从哪里来的，并没有搞清楚。到东汉，唯物论者才明确肯定了气是最初的，即所谓元气。如何休的《公羊传解诂》说：“元者，气也。无形以起，有形以分，造起天地，天地之始也”。自然界的一切有形物质都本原于气，人类当然也是气变化而成的。如《易传·系辞下》说：“精气为物”；王充的《论衡·论死》指出：“气凝为人”。这无疑是一种朴素的唯物论认识。更为重要的是，战国时期的哲学家们已经认识到气是充满人体的，气的不断运动维持着人体的生命活动。如《管子·内业》说：“精（气）自生，其外安荣，内脏以为泉源。”《庄子·知北游》说：“人之生，气之聚也。聚则为生，散则为死。”
精气学说体现了古代哲学中朴素的唯物论思想，渗透到中医学中，对其唯物主义生命观的建立产生了积极的影响。中医学认为，精是人体生命的本原物质，它先身而生，具有遗传性，“人始生，先成精”，没有精就没有生命。此精是指禀受于父母的精，父母之精相合，构成了胚胎发育的原始物质，产生了新的生命个体。气由精化，也可从自然界获得，气的不断运动推动着人体的生命进程。因而气既是人体的组成部分，又是含有巨大能量，具有很强活力的无形可见的极细微物质，是推动生命进程的动力。气的运动停止，则意味着生命的终结。
阴阳五行学说是古代哲学中朴素的辩证法思想，渗透到中医学中，推动了医学理论体系的建立。
阴阳的概念，最初是指日光的向背。以后逐渐引申扩展，几乎把自然界所有的自然现象和事物都区分为阴阳两类，甚至把形成宇宙的本原物质——气，也分出阴阳来，即所谓“一气分阴阳”。由于气是万物产生、运动、变化的根源，于是阴阳也就与事物的发生、发展、变化联系起来。到了春秋战国时代，人们认为一切自然现象都是阴阳相互作用的结果。清阳为天，浊阴为地，“天地氤氲，万物化醇”（《易传·系辞下》），“天地合而万物生，阴阳接而变化起”（《荀子·礼论》）。甚至将陨石的坠落、地震的发生，亦认为是阴阳相错相荡的结果。于此，人们把事物发生发展变化的规律概括为“一阴一阳之谓道”。
阴阳学说渗透到医学领域，与医学的理论和实践融为一体，形成了中医学独特的阴阳学说。它不但用以解释与人息息相关的自然环境的变化，更重要的是用以阐释人体的生理病理，并指导疾病的诊断与防治。用于说明人体的生理，则谓“阴平阳秘”；用于解释人体的病理，则谓“阴阳失调”；用于诊断，则云“察色按脉，先别阴阳”；用于治疗，则云“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。因此，阴阳学说几乎渗透到从理论到临床的每一角落，已经成为中医学理论体系的一个重要组成部分。
五行，最早是指人类生活中不可缺少的水、火、木、金、土五种物质，又称“五材”。医学教育|网搜集整理以后被用来概括世间万物的属性。此时的五行已不是那五种物质的本身，而是其属性的归纳，即《尚书。洪范》所谓“水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑”。战国时期的邹衍首先肯定了火胜金、金胜木、木胜土、土胜水、水胜火的五行相克顺序。从《管子》、《吕氏春秋》等书将五时与五行相配的顺序看，五行相生顺序在此也基本形成。五行相生说明事物之间的相互促进关系，五行相克说明事物之间的相互制约关系，这是具有辩证法思想的。
五行学说渗透到医学领域，主要用以解释人体的生理联系与病理影响，并指导疾病的诊断与治疗。它用事物的五行归类及生克规律，说明人体脏腑组织之间以及人体与外在环境之间相互联系的统一性，进一步确立了中医学的基本观点——整体观。
