中医学的基本理论受道家思想的影响。道家主张“天下万物生于有，有生于无”，“道生一，一生二，二生三，三生万物”；中医学强调人体自身的整体性，包括各个部分的全息性和部分之间的联系性。中医学以整体思维来研究人体，认为任何一个部分的机能都是整体机能的反映。西医学运用解剖分析还原方法来研究人体，是由部分到整体的思维。按照中医学的整体思维，来研究人体的某一具体的脏腑经络组织器官的某一功能，是由整体到部分的研究思路。中医与西医的研究思路虽然不同，但研究的对象都是人体，两种不同的研究必然会产生一个交会点，这可能就是揭示人体生命规律的目标点。就目前来说，“证”的研究可能是中医理论与临床研究的突破点。因为证是中医学整体思维和辨证论治思想的集中反映，证的病理模型研制、客观化研究和机理研究是按照中医学研究思路而作的探索，应是提倡和鼓励的研究思路和方法。
中医学应属自然科学，当以自然科学的研究方法来研究和发展中医学理论。结合目前中医学理论研究的实际，提出以下研究思路：即在明确某一理论和概念之内涵的基础上，抓住某一点或某一环节进行细致的深层次的微观研究。或探讨其内在的机制或机理，或以现代实验技术建立证的病理模型的方法，以求建立证的评价标准，或对某一理论作出科学的阐释，或找到某一方药的作用部位或作用环节。如对肺主行水理论的研究，在确定其理论内涵的基础上，以现代的科学实验技术和方法，建立肺行水与呼吸相关的病理模型——寒饮蕴肺证家兔病理模型，在研究和确立该证评价标准的同时，也从某一侧面得出肺行水的内在机理，同时也可找到治疗该证的温阳化饮方的作用环节或作用部位。因而可从细胞和分子生物学角度对肺主行水的理论作出科学的阐释。
三是继续强化中医学在思维方法和人文科学方面的研究。
在继续传统思维方法研究的同时注重革新。精气阴阳五行学说是作为一种思维方法而渗透于中医学的，它们在中医学理论体系的构筑过程中起了重要的方法学作用，但它们并非中医学固有的概念或理论。古代哲学的精气阴阳五行学说是作为一种方法或一种解释性模型来说明中医学的脏腑经络精气血津液的作用和功能的，来阐释人体的生命活动规律的。就目前而言，它们仍是中医学的主要思维方法，其合理的内核，科学的精髓以及方法学方面的作用，仍有继续深入发掘的必要。勿庸讳言，随着中医学理论的继承性研究和现代实验研究的发展和深入，古代哲学思想对中医学的影响将越来越被淡化。实际上，中医学若作为一门自然科学继续发展，不可能永远与两千年前的哲学思想——精气阴阳五行诸学说绑在一起。中医学的某些带有阴阳痕迹的术语如肾阴肾阳等，到时也只会是一些内涵明确的概念，已不再具备哲学的阴阳概念和运动规律了。
要注重中医学思维方法的革新，在发掘传统思维方法如宏观、整体、类比、外揣等的同时，开展微观、局部、逻辑、系统等思维方法的研究，构建中医学的新的方法学体系。中医学理论的发展和创新，只用传统的思维方法来研究是远远不够的，必须注重和发展在整体观念指导下的局部的、形体的、微观的研究。
同时，强化中医学在人文科学方面的发展。“生物—心理—社会”现代医学模式在70年代已经提出，医学不再是单纯的生物医学，已经融合进了诸多人文社会学科的知识，心身医学的发展就说明了这一点。中医学受古代哲学的深刻影响，也融有大量的社会学知识。中医学整体思想的建立，强调自然和社会环境对人体的影响，就是这种思想的反映。但中医学中的人文社会学知识不应停留在两千年前的精气阴阳五行学说的水平上，而应在吸收古代哲学思想中精华的基础上，兼收并蓄古今中外人文科学中的精华，以充实和发展中医学理论。
在以继承性研究确立中医学某一基本理论和概念的内涵以及以现代科学手段对该理论和概念的内涵作深化研究的过程中，医学教育|网搜集整理科学的假说和新的理论就可能孕育产生。如在比较研究中医学的精气理论与古代哲学的精气学说的过程中，在对藏象概念的内涵及其产生根源的探讨中，发现了现行的“脏腑气血阴阳”理论体系的诸多问题，产生了构建“脏腑—精气—阴阳”理论体系的想法，以科学地表述脏腑之精、气、阴阳的概念及其之间的逻辑关系，并较确切地表述脏腑的生理功能和病理变化。脏腑精气阴阳理论体系，实际上是一个新的脏腑功能和人体生命活动的解释性模型，对认识人体生命的来源，说明人体生命的持续和变化规律，指导临床脏腑病证的辨证和治疗，具有重要的指导意义。再如在确立肺行水理论的内涵及对此理论作深化研究的过程中，我们发现肺的行水功能与呼吸道的舒缩密切相关，因而在科学实验的基础上，提出肺阳行水的作用机制可能在于调节呼吸道的舒缩的假说。
备注：中医学是否属于自然科学是个大问题，和中医科学与否的争论一样，不同人有不同的看法。上文第二点所提及的“将中医学理论纳入现代科学研究序列”，是在探讨中医学的一个研究方向。在这个研究方向上，基本上有两个观点：一个是回归传统，就是强调继承，从中医经典中继承、发展中医；一个是所谓的中医科学化，就是利用现代的科学技术及科学方法来研究中医。各家对此皆有争论，本文仅供参考。
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