教育部《高等学校出版社管理办法》规定：“高校出版社经济收益主要用于本社的建设和发展及教材学术著作的出版补贴。在保证正常经营的情况下，应将部分收益上缴学校。”
目前，大部分高校为弥补教学科研经费的不足，要求出版社将国家免征的所得税上缴学校，一般为年度利润的30%～40%。如果对高校出版社征收企业所得税，高校出版社将面临着既要给学校交利润，又要给国家财政交所得税的情况，这样高校出版社的利税负担就大于一般出版社，也高于一般的社会企业。
这种状况无疑不利于高校出版社的发展。记者在采访中了解到，高校社税赋负担过重已引起各方广泛关注，因此，大家基本达成了一致共识：高校出版体制改革与一般出版社的改革相比，既有共性，又有特殊性;既要遵循一般出版社改革的普遍规律，又要解决改革和发展中面临的特殊问题。高校出版社不同于一般的校办企业，兼有意识形态和产业的双重属性，“转企改制”后，出版单位不但承担学校国有资产保值增值的任务，还必须有偿承担为学校教学、科研服务的责任。因此，保证足够的发展资金，事关高校出版社的未来发展。
为此，在这次高校社“转企改制”过程中，两部委在方案中提出明确的指导性意见：学校作为出版单位的投资者，要根据出版单位发展的状况和需要，与出版单位确定合理的投资回报率。
记者在采访时发现，在上缴学校利润方面，许多高校出版社是有话要说的。
有的出版社说，以前，多数高校领导对改制有所顾虑，除担心改制之后学校会对出版社失去控制外，更担心出版社改制为企业后上缴利润得不到保证。有的出版社说，不同于一般的社会出版社，也与一般出版社不在统一平台上竞争，如果学校把出版社作为赚钱的渠道，那么这些学校就在认识上存在误区。有的出版社则说，学校必须正视高校社的特殊性，支持高校社的发展。不仅要把出版社作为企业来经营，更应该把高校社作为学术、教学、科研平台来建设和维护，否则高校出版社就会在未来的竞争中被淘汰出局。
据记者了解，目前，教育部正在推行“高校产业规范化建设”。有些高校正在按照教育部的要求，把学校的企业全部划入到资产公司进行管理，学校的所有经营性资产也划转到高校资产公司，资产公司代表学校成为高校企业的出资人。因此，学校、资产公司、出版单位三方就存在资产管理和运营上的责权划分问题。
而“高校产业规范化建设”与当前的高校社“转企”形成了有效衔接，解决了学校、资产公司、出版单位三方的责权问题。即凡是涉及到重大事项决策、重要干部任免、重要事项安排、大额资金的使用等经营管理中的重大问题，必须依照审批权限和程序，由学校资产管理委员会集体决策，并由参与决策的人承担相应的责任。资产管理委员会代表学校所担负的责任必须履行到位，不能成立了资产公司，就将主办单位的职责全部或大部分授权资产公司来履行。
具体到高校出版社，资产公司则是以出资人的身份，代管出版单位的经营性资产，资产的日常运营则由有独立法人资格的出版企业具体负责。此外，资产公司在管理出版单位的经营性资产时，要坚持出版单位资金用于出版活动与为教学、科研服务的原则，将资产与资金的使用全部用于出版活动，不得上缴挪作他用。资产公司不能把出版社资金抵押，或拆借给其他企业。
这给人们一个明确的信号：考虑到高校出版单位的特殊性，与学校的其他企业应有所不同，学校通过资产管理委员会加强对出版单位资产的管理，以保证国有资产的保值增值。
同时，这也给担心向学校上缴利润负担过重、影响高校出版社发展的业界人士以信心。
教育部副部长李卫红说，在上缴利润的问题上，高校作为出版社的投资方和唯一股东，有权依法获取资产收益，但目前有的学校在出版单位上缴利润的数额和方式上存在随意性，这种随意性不利于出版单位的发展。
在谈到上缴利润的额度时，李卫红说，学校应使出版单位上缴资产收益数额进一步规范化，符合国家的指导线，既要考虑学校的教育需要，也要考虑出版单位发展的需要。学校可考虑与出版单位的经营者签订经营目标责任书，根据出版单位的实际状况和发展需要，确定合理的投资回报率。
就此话题，记者专门采访了部分试点高校的负责人，他们明确表示：高校要着眼长远，“放水养鱼”，支持出版社的发展。因为出版单位发展壮大了，才能更好地履行为教学科研服务的宗旨，多出精品，更好地为教学科研、人才培养发挥应有的作用，实现校社全面双赢。
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