同时，摸清家底，为出版社的发展轻装减负。在保证国有资产不流失和不良资产的处置必须严格按照规定和政策办的原则，学校一是通过资产清理和评估，摸清家底，为资产的授权经营打好基础。二是要为改制后的出版社轻装减负，挤掉资产中的水分，该报废的报废，该核销的核销，该做坏账准备的做坏账准备，把实实在在的资产交给经营者经营。
为保证经营者充分的经营自主权，在改制过程中，根据现代企业制度的要求和学校的实际，初步建立了一个由出资人、董事会、监事会、经营层、职工代表大会形成的治理模式。同时，在外部体制改革的同时，学校要求出版社按照市场化需要转换内部机制和运行模式，学校认为对一个长期实行事业体制管理的出版社来说，内部机制的改革更为本质更为深刻，因而更具有挑战性。为此学校要求出版社从三个方面来实现机制转换。一是打破员工身份限制，实行岗位工资制和绩效工资制。二是打破行政部门的管理模式，建立以策划人为核心的出版体制。三是打破按学科专业划分的出版体制，实行专业化的出版。
改革增强了活力，改革推动了发展。在武汉大学出版社改革过程中，学校始终强调发展这个主题，出版社发展才是硬道理，因此学校要求出版社紧紧围绕发展这个主题进行改革，在这种思想指导下，改革给出版社带来了可喜的变化，促进了出版社发展。
一是出版社初步建立了与市场相适应的运行机制和模式，形成了以出版分社和事业部为经济实体的基本组织框架，根据市场需求和出版业的发展趋势，调整了产品结构，明确了发展方向和战略重点，使长期以来处于探索中的发展向和定位问题有了统一认识，一个可持续发展的模式基本形成。
二是实现规模的快速发展和两个效益的稳步增长。近几年出版社品牌建设取得明显进展，一批图书获得省部级以上奖励，其中“五个一”工程奖，中华优秀出版物奖，中国出版政府奖均榜上有名。一批重点图书获得良好的社会效益和经济效益，出版社影响力逐步得到提升。
三是积极探索新的发展模式，寻找新的增长点。改革过程中，出版社对内部资源进行了合理调配，成立了学术出版、教育出版、大众出版、数字出版、广告传媒、大众期刊等经济实体，同时先后在北京、武汉、福建建立了分社，通过资源重组和新的合作模式，在发展原有品牌的基础上，在大众出版、数字出版、传统文化的海外推广等方面有所作为。基本形成经济效益与社会效益同步，规模发展与品牌建设同步，对外合作与内部挖潜同步的良好发展格局。
