按照新闻出版总署和教育部的要求，在体制改革中，高校出版社的体制将分为两类;即企业体制和事业体制。绝大多数大学出版社将转制为企业，少数可以实行新的事业单位。确定转制为企业的高校出版社要按照“创新体制、转换机制、面向市场、增强活力”的总要求，完成事业单位向企业体制的转换，成为真正自我发展、自主经营、自负盈亏、自我约束的市场竞争主体，按照现代企业制度的要求，建立和完善高校出版社的法人治理结构，建立产权清晰、权责明确、管理科学的现代出版企业。实行新的事业单位的大学出版社要按照“增加投入、转换机制、增强活力、改善服务”的要求，按照新的事业单位的相关规定规范运行。
大学出版社体制改革的目标任务是，通过体制改革，形成科学有效的高校出版管理体制;形成充满活力与竞争力的微观运行机触培育一批具有雄厚实力、较强竞争力和品牌影响力的大型高校出版企业和以内涵式发展为主的高校出版集团公司，培育一批向“专、精、特”方向发展，在某一图书领域占有较高市场份额和较强影响力的中小型专业出版企业培育少量服务意识强、服务质量高、按照新机制运行的高校出版事业单位。出版单位的转制主要应做好三方面的工作：第一，清产核资、资产评估、产权登记等资产处置工作;第二，人员安置工作，转制的高校可以按照“老人老办法，新人新办法”的原则，对现有事业编制的人员在转制后，应实行企业用人机制，待其退休后，要与学校事业编制的教职员工享受同等待遇;第三，建立现代企业制度，建立以股东会、董事会、监事会“三会”为代表的出版企业的法人治理结构，形成各负其责、协调运转、有效制衡、机制灵活的管理体系。当前大学出版社的第一批试点单位的改制方案已经得到新闻出版总署的批准，改革试点工作正在积极有序进行。
但是，相比其他类别的出版社来说，高校出版社从事业单位向企业转制这一转型也所面临一系列困难。第一，如何在新的公司治理结构中处理好与所在高校的关系。高校出版社与所在大学是一种“毛皮”关系，毛要附着在皮上，大学出版社离不开所在大学，它承载了大学的资源优势的同时，也要承担大学所要求的无条件为学校教学科研服务的公共性职能，这是不能用企业的投入产出和供求关系来考虑的，这种优势和职责都给大学出版社转为企业带来很大障碍。第二，与此相关的，大学出版社如何处理背靠学校和面向社会的关系。大学出版社当然要依靠所在大学的资源优势，但转变为企业后它要获得更大的发展就必须面向社会，这就在一定程度上会影响到对本校教学和科研的服务功能。不断扩展校外作者会给所在学校带来不快，但它却是大学出版社发展所必需的。第三，高校出版社的定位和市场之间存在一定的矛盾。高校出版社有它的特殊定位和不可替代性，就是为高等学校尤其是本校的教学科研、学科建设和人才培养服务，这一点并不因体制改革而改变。在考虑为高校教学科研、学科建设和人才培养服务时市场的考量是第二位的，这就和企业行为存在天然的矛盾。这就决定了高校出版社在选题开发和发展方向上既要考虑市场因素，又不能完全以市场大小来决定出版社的产品。第四，高校事业单位的定位和出版社企业定位之间存在一定的矛盾。对大学出版社和大学关系来说，过去计划经济条件下的企业父爱主义变成学校的父爱主义，学校对出版社经营管理干预较多，出版社在人财物方面的自主权较少，学校对出版社的上缴利润具有随意性，出版社领导更换频繁，难以形成职业经理人是高校出版社面临的普遍性问题。但这些问题通过目前的单一投资人结构并不能解决问题。要真正解决这一问题还需要进一步加大改革力度，使大学出版社成为多元投资主体，这样才能形成科学规范的公司治理结构。
从大学出版社管理体制的初步形成到不断进行改革探索的20多年中，中国大学出版社不断发展壮大，已经成为中国出版界最有活力和影响最大的出版力量之一。从上述历程可以看出，大学出版社的体制改革充满着艰辛和曲折，但有几点经验值得我们认真加以总结：第一，大学出版社的体制改革过程是一个不断强化市场化的过程;从事业单位到事业单位企业化管理再到转制为现代企业制度，使得大学出版不断面向市场，这是社会主义市场经济的必然要求;第二，大学出版社的改革过程也是其自身不断发展壮大的过程，大学出版社通过体制改革，激发了自身的活力，增强了产品的市场竞争力，壮大了大学出版社的实力，极大地解放了高校出版社的文化生产力，改革成为促进高校出版社发展的强大推动力;第三，大学出版社的改革过程是一个与整个出版发行体制改革及相互借鉴又相互推动的过程，大学出版社的改革是在整个出版业出版发行体制改革的宏观背景下进行的，它必须与整个出版发行体制改革的整体步伐相一致，不能孤军深入，单独推进;反过来，大学出版社体制机制改革的成功经验又推动了整个出版业改革的深入;第四，大学出版社的改革的关键所在是其性质定位以及校社关系，能否顺理好所在学校与出版社的关系，成为每一次改革是否顺利进行的关键。第五，大学出版社改革的难点在于如何处理好大学出版社的为教学科研服务尤其是其学术性出版单位与面向市场进行企业经营的关系，这是社会效益和经济效益的矛盾在大学出版社的集中体现，也是困扰很多出版社转企改制的症结所在。事实上，那些改革意识最强、发展最快的出版社恰恰也是对学术贡献较大的出版社，社会效益和经济效益的统一在那些锐意改革、发展较快的大学出版社那里得到了最好的体现。因此，只有加大大学出版社的改革力度，加快大学出版社改革的步伐，才能在新一轮的出版转型中获得先机，获得更快的发展。这就是我们在回顾大学出版社改革历程中所得出的基本结论。
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