企业兼并后的管理人员和雇员来自于不同的公司，根植于不同的企业文化，甚至根植于不同的民族文化，可能会有迥异的价值观，这就使得兼并后的人力资源管理与一般的人力资源管理相比更加复杂。
首先，也是最重要的，是员工的流动问题。企业的兼并，可能会对被兼并企业的雇用标准、工资、福利及其他权利有着双重影响，员工特别是被兼并企业的员工可能丧失工作安全感。
1.企业主动裁员。在合理的兼并中，企业力求改善被兼并企业的经营效率与生产率，就可能进行裁员。裁员决策对留下的员工影响很大。如果企业处理不好裁员方案，可能会使留存的员工整天处于不满与惶恐中，他们考虑的不是如何做好工作，而是怎样尽快摆脱目前这种境况。长此以往，被拖垮的不仅仅是员工，也是整个企业。斯坦福商学院教授杰夫·雷敦夫在他的《知识导致的差距》一书中提到了1997年城市银行宣布裁员时，仅宣布将从90000多名员工中解雇9000人，而没有说明哪些人将被裁减。"感到恐惧的不是9000人而是90000人"。雷敦夫说，"城市银行的方式是低效的，但不幸却是普遍存在的。"裁员问题处理得不好会引起大量的人员流失，最终影响兼并的成功。
2.员工自动离职。除企业主动裁员外，还有部分员工会用自动离职并向组织外寻求发展机会来规避企业兼并中因两种企业制度在整合时产生的摩擦引起的对抗。兼并活动中一方特别是经营不善的企业在兼并后可能会丧失对企业的控制权，而这种控制权的转移，可能会使部分企业成员产生消极的心理预期。比如管理者会担心兼并后企业的补偿减少、权利丧失等，一般员工会担心受到歧视。如果处理不当，这些忧虑与担心也会使企业的成员对兼并丧失信心，甚至引起人员的大量流失，而成员对兼并信心的丧失以及人才的流失也意味着兼并的失败。因此企业兼并后面临的如何留住所需员工的问题，也是人力资源管理应该解决的问题。
其次，文化的冲突。组织文化可能没有确定的定义，但是它却有助于建立一些准则和不成文的制度，以指导雇员行为。它使某些行为和态度合理化，也使另外一些行为和态度不被认可。在实施兼并时，往往会涉及到两个或更多的公司或国家，以及不同的企业文化、价值观及思维方式。兼并后企业与被兼并企业之间文化冲突不可避免。员工可能发现曾经受到认可的行为不再能够得到回报，也许是不!被允许，甚至可能还要被处罚。衡量员工行为的尺度发生了变化，特别是在被兼并企业被全盘接受原企业消失后，原来的任职者可能会意识到他们的企业价值观和工作方式将受到危害，就会采取抵制的态度。当工作准则变得模糊、新旧经营方式出现不一致的时候，文化冲突就开始了。人们先会感到无所适从，然后开始失望，后来便开始以消极怠工或离职来抵制。这无疑会损害兼并目标的实现。
有些买方为了防止文化差异方面的问题出现，允许被收购公司保留独立的经营方式，将企业的参与和影响降低到最低点。然而在许多情况下这种方法完全是行不通的。例如，如果兼并能够带来规模经济，那么努力消除文化差异便是合理的事情。
在这种情况下，整合战略中应有一部分专门用于解决文化差异问题。这对企业管理措施的选择，对人员之间的交往方式、工作设计、组织结构都会带来极大的影响。
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