虽然我国商业银行开展并购业务具有必要性和可行性，但是并不等于说我国商业银行开展并购业务不会遇到阻力和困难，我国由于进行市场经济的时间还不长，特别是商业银行更是受计划经济影响较深，而且并购业务目前是涉及相关利益人比较多的交易，并购行为本身就是一项非常复杂的经济活动，因此我国商业银行在开展并购业务时会遇到一些困难。目前我国商业银行开展并购业务所面临的困难主要有以下几个方面：
一、国有商业银行治理结构缺乏有效的激励机制，为并购业务开展带来的困难。在我国的商业银行体系内就是缺乏有效的激励手段，而最为有效的激励手段就是让经营者享有“剩余索取权”，否则，拥有控制权的经营者必然存在滥用资产、利用职权享受个人消费等道德风险行为。但在目前的商业银行治理结构下是不可能让经营者拥有剩余索取权。如果商业银行的经营者有了剩余索取权，就意味者经营者的显性收入大幅度上调，这将面临来自相同行政级别的政府官员方面的极大压力。在这里，问题关键是银行的经营者完全是组织部门任命的。从这个意义上讲，我国商业银行开展并购业务缺乏激励动力。
二、内部风险控制体系上会遇到困难。这不仅反映在我国商业银行在风险控制技术上落后于西方发达国家，例如我国目前的风险管理的内容大多还只是简单的比例管理，所采用的数据大多是静态数据(如财务数据)，所用的分析方法也主要是账面价值分析法，分析的重点主要针对信用风险，特别是信贷风险的分析;而国外商业银行既强调对各类风险的特别管理，更强调对这些风险的组合管理，在方法上强调定量分析为主、定性分析为辅，由此可见其差距所在[85]。另外在我国一些商业银行的决策过程缺乏民主性，并缺乏有效的监督，使内部规章制度流于形式;银行对其分支机构控制不力，金融资产的安全性很差。比如说，许多银行对内部控制的认识不确切、不完整、法人代表自我约束不够，存在“道德风险”。尽管我国商业银行将开展的大部分并购业务是不涉及银行资金运用的咨询业务，但是也必然会涉及到“过桥贷款”的发放，一旦发生这些业务，风险评估、风险控制都会显得尤为重要。而且我国商业银行的信贷体制和信贷文化也在一定程度上构成了开展并购业务的阻碍。亚洲金融危机暴露出亚洲(包括中国)存在着比较严重的以关系为基础的信贷文化，而且在中国还存在行政干预商业银行贷款的问，贷款常常不是基于对企业的信用程度、资本回报率、风险等进行综合评价的，这不完全符合市场经济的商业信贷文化。这种信贷文化对商业银行开展并购业务的相关融资构成威胁。
三、我国商业银行目前严重缺乏从事并购业务的专业人才。投资银行被称为金融领域的高科技，它拥有的最大的资本是人才，它所出售的最终也是人的知识和智力，因此它对专业人才提出了很高的要求。并购业务作为投资银行的核心业务之一，它也对相关人才提出了非常高的要求。一个好的从业人员必须具备很高的素质，他不单单有广博的知识、善于运用和创造各种金融工具，又要准确掌握国家宏观经济形势，还要具有善于与人沟通的能力，并且有很高的职业道德‘但是我国目前严重缺乏这类人才。这不仅表现在商业银行内部缺乏这类人才，而且我国现有投资银行同样缺乏这类人才。这主要是由于这个行业的从业人员水平参差不齐，且流动性大。尽管许多投资银行不断地扩充人员，但因业务繁忙使其对员工的培训重视不够，一些刚出校门的新员工很快就参与到项目中，虽然这对新员工来说是个很好的实践锻炼，但客户往往对此颇为不满，从而双方产生利益冲突，最终致使并购业务难于开展。另外一些经验丰富的人才往往追求更大的发展机会，“跳槽”现象十分普遍，这也使客户随着这些人员成为他人的客户，从而难于建立一种长期合作的关系。这对我国商业银行开展并购业务来说最大的困难。
四、我国资本市场发育尚不充分。由于体制和观念上原因，跨地区、跨行业、跨所有制的资产重组仍然面临着诸多的障碍。
(1)地区、跨行业的资产重组可能导致原隶属关系下税收收入的变化，并使本地区或本行业失去宝贵的壳资源。原隶属关系下税收收入的变化，并使本地区或本行业失去宝贵的壳资源，作为利益主体的地方政府或行业主管部门因此希望将资产重组限制在自身范围内，这就会发生“并购悖论。所谓“并购悖论”，即地方政府在并购问题上具有两面性，一方面鼓励本地企业并购外地企业，地方政府受利益驱动，成为企业扩张的热心支持者和“赞助者”(地方政府对企业并购常常有一系列优惠措施)，地方政府还直接上阵，组建企业集团，甚至把分散在各地主管部门和产业领域的企业组成联合体，以增强本地企业对付“外敌入侵”的能力;另一方面，却对外地企业对本地企业的并购持反对态度，一些地方政府的规定在目标企业的职工安置、企业的债务处理等方面设置障碍，甚至采用“搭卖”方式，临时把当地另外一些亏损企业与目标企业捆绑起来，“要买一块买，不买拉倒”。这种现实的存在，极大地增加了并购难度，也为商业银行开展并购业务人为地制造了大的障碍。
(2)由于我国国有资产的管理中存在着多层次的委托代理链，跨地区、跨行业、跨所有制的资产重组必然要涉及到更多的主管机关、手续复杂，成本也相应提高。特别是一些交易金额巨大、在社会上可能产生较大影响的并购活动，一般都有管理当局进行审批，即使在国外也是如此。例如，花旗集团2004年上半年以27亿美元现金收购南韩第六大银行韩美银行(KorAm)，象这样的交易就需要美联储和韩国金融监督管理局批准后方能生效
(3)由于担心国有资产流失的观念根深蒂固，特别是在涉及到民营企业进行跨所有制并购重组中，这一观念表现的尤为明显。当然，对国有资产流失的担心是有必要的，但是我们对民营企业一视同仁也是应该的。
由于以上因素的存在，我国实际上还没有形成开放的资本市场，资本市场的地域和行业色彩浓厚，人为地为资本的合理流动设置了障碍。另外我国现有的资本市场规模偏小，在资本市场上可供选择的对象很有限，金融工具的创新受到极大压抑。例如我国一直不允许发行垃圾债券，这就使进行杠杆并购(LBO)遇到难题;另外，由于没有建立完善的债券市场，这使债券并购机制的形成受到阻碍
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