当前我国国内银行业的并购活动，大多发生在股份制和城市商业银行、信用合作社等中小银行上，期间经历了行政并购到市场导向的过渡。
从1995年起，城市信用社纷纷合并组建城市商业银行。数量极其巨大的农村信用社改革，也采取了并购的基本思路，在2005年组建银行类机构57家，其中农村商业银行11家，农村合作银行46家。这一阶段国内银行之间的并购带有浓厚的行政色彩，而且主要以化解地方金融风险为目的，这是与欧美等西方国家银行购并最大的不同。其中最典型的行政案例是，海南发展银行因为收购了本地已经发生支付危机的28家信用合作社，直接导致其资不抵债、最终被迫关闭的厄运。这也从另一侧面说明，我国这一时期内资银行间的并购行为，不仅不会造成所谓的垄断，甚至会使原先的并购银行实际的竞争实力减弱。
随着股份制商业银行的不断发展壮大，一些区域性商业银行已经不满足于本地区狭小的经营空间，更希望在全国金融市场上有所作为。2001年中国人民银行下发《关于进一步规范股份制商业银行分支机构准入管理的通知》，对新兴股份制商业银行开设分支机构提出了更高的要求。该《通知》规定：股份制商业银行在某一城市初次设立机构，只能设立分行，但因收购或兼并中小金融机构而设立机构的除外。
对股份制商业银行的进一步扩张极为不利，但却对“收购或兼并当地中小金融机构”格外通融，更多的商业银行发现了兼并和收购是低成本扩张的新的捷径，并引发了新一轮并购浪潮。例如，2001年上海浦发银行收购浙江瑞丰城市信用社，福建兴业银行(后更名为兴业银行)收购浙江义乌市商城城市信用社;2003年招商银行收购盘锦市商业银行;2004年兴业银行收购佛山市商业银行。这一时期的国内银行并购主要以市场为导向，更多采用双方自主协商的方式进行，行政干预的色彩已经明显淡化。并购后的股份制商业银行，不仅扩大了经营规模，还极大增强了自身的市场竞争力。而原先被收购的城市信用社不仅具有了商业银行的多种优势，即可进行外币结算和票据业务等多项银行业务，在业务规模上也突破自有资金的瓶颈制约。应该说这一时期内资银行间的并购已经取得了双赢的良好效果，对当地金融市场而言，并未造成所谓的金融垄断，而是注入了新鲜血液，激活并大大改善了整个市场竞争环境。
自2001年国际金融公司入股南京市商业银行以来，战略投资型的外资并购热潮在中国银行业中逐渐拉开序幕，并积极付诸实践。而另一方面，在中、农、工、建四大国有商业银行从农村金融市场上紧急撤退的同时，这块“难啃的骨头”对外国投资者的吸引力却是有增无减。目前外国投资者已经以实际行动深入我国农村金融市场，如早在2005 年荷兰合作银行和国际金融公司已经收购了杭州联合银行15%的股份;2006年11月上海澳大利亚和新西兰银行集团自收购天津商业银行20%的股权后，又收购上海农村商业银行19.9%股权的协议;而荷兰合作银行也正在就入股天津和辽宁的农村信用合作社一事进行谈判。
毋庸讳言，外资并购中资商业银行有诸多好处，但外资的大量进入，对我国银行业的冲击在所难免，而外资参股并购多家中资银行也极容易形成市场垄断。
