1.行政“催化”。其结果是股份合作制企业发育不足，甚至畸形，小股东权益保护缺乏天然屏障。严格地说，我国近年来股份合作制企业数量激增，并非源于市场的自然孕育，而是政府“催化”的结果。许多地方政府把完成改制当作是一种行政目的和任务，急于赶进度，重于凑数量，流于形式，通过自上而下的政府行为来强行推进。相当一部分政府职能部门人员认为，国有企业改制、国有资产处置，政府应当拥有绝对的主导权和决定权，职工的意愿无足轻重。于是，许多企业在改制过程中无视民主权利，不开职工大会，不作政策宣传，职工对改制政策和本企业改制情况知之甚少，并且在企业改制的问题上只有举手义务，没有说话权利。同时政府对于改制中如何保护职工的权益、改制后又如何切实保障小股东的权益考虑较少，只管推进改制进程，而就自己作为股份合作制企业的助产婆、市场公平秩序的维护者和国有资产的代表者应尽的必要监管责任履行较少。由此，导致行政权力配置不当，改制时一手操办，改制后放任不管，客观上是在逼迫小股东“用脚表决”。
2.旧观念的影响。由于旧观念根深蒂固，旧体制名亡实存，小股东难以摆脱传统“职工”(雇工)的受制地位。大多数国有、城镇、集体企业改制主要限于原企业内部进行，改制后的公司依然由持大部分股权的原企业领导层继续把持。虽然股份制企业的内部职工成了公司的小股东，在法律概念上参与了企业的权力机构，但他们的人事和社会福利等事项均与公司保持着与过去并无变化的行政性关系，名义上的所有者地位并不能冲抵行政上的受管辖处境。加上法律缺乏小股东权益保护机制的规定，他们不敢、也无法无视董事会(过去企业行政领导组织的转化形式)的决策而行使法定的制约权。这就使保护小股东权益的各项制度处于虚置状态。其实际后果就是对企业的外部形式作一些调整，企业内部的管理机制却没有实质性改进。立法者所希望的通过实行有限公司的组织形式而转变企业经营机制的目标无法实现。
3.股权设置的不合理性。小股东受大股东经营管理权和控股权的双重挤压，股东的自然权利难以保障。我国中小国有企业和城镇集体企业改制后，大多是由经营者持大股的产权改革，其初衷是为了调动经营者的积极性，实现责、权、利三者的统广。但是，由于缺乏持股比例控制、监管机制、经济和法律责任等制度相配套，使得少数经营者成了只享有权利、不承担风险的改制受益者。他们利用经营者和大股东的双重身份优势，完全掌握企业控制权，成为凌驾于委托人之上的特权代理人，形成了“经理人控制”的格局，使小股东处于绝对依附与从属的地位。相反，职工则成了劳动和资本的双重雇佣者，知情权、话语权、决策权、监督权等均受到限制和剥夺，使企业治理机制向自主制复归。即使是在一些改制较为成功、发展势头良好的股份制企业，也存在着三会职能未充分行使、管理层和决策层交叉较多的情况。
4.监督机制无法实施。当前股份制企业的突出问题之一是监督机制未得到真正落实，从表面上看监事会是企业的最高监督机构，而实际上，大多数中小企业考虑到自身规模小、人才少等问题，为节约运作成本，普遍由董事长(或执行董事)兼厂长(经理)，决策经营层基本上由改制前领导班子组成，相比之下，监事会要弱小得多，当决策企业经营层以经营、决策权要挟监事会时，企业的监事职能就如同虚设，监事就更谈不上尽职尽责了。由于监事会不能实施有效监督，即使小股东察觉管理层有经营问题，监事们也只能无所作为或者无能为力，因此，使得企业的兴衰在很大程度上取决于“一把手”的个人素质。而问题的另一个方面是，当股份合作制企业因经营不善等原因歇业或倒闭时，小股东又不甘承担投资风险，往往采用群访群诉等方式向上级或政府部门施加压力以逼迫企业退还投资款，这显然是与法人制度格格不入的。从以上两方面的问题可以看出，一是小股东的投资权益没有得到保障，二是小股东又不正当地追回了自己的投资款，而致使法律在中间处于被虚置、被漠视的尴尬地位。
