其次，政府职能的重点应转向创造公平竞争的市场环境，政府与国有独资公司的关系面临新的挑战。为实现建立社会主义市场经济体制的目标，政府就必须改变对不同所有制企业采取不同政策的做法，为各类型的公司提供一个公平竞争的市场环境。而对国有独资公司特别照顾的做法显然违背了《公司法》“建立自由、公平、有序的社会主义市场经济秩序”的立法宗旨。
第三，中国加入ＷＴＯ后，企业竞争进一步国际化。而在政府特别优待下成长的国有独资公司，由于长期达不到国际平均发展水平，缺乏国际竞争力，从而在国际市场中无法立足，最终无法避免被市场淘汰的命运。
所以，主张“保留”的意见尽管是考虑到国有企业改革的问题，但是国有企业改革并不是仅仅依靠国有独资公司制度就能解决，况且这条途径在如今的市场环境下已经无法发挥其原有的作用。
但是，完全去掉单列的“国有独资公司”部分也不是可行之举，不是解决现实问题的有效途径。根据现行《公司法》第６４条的规定，国有独资公司是指一种国家所有的有限责任公司，其中国务院确定的生产特殊产品的公司或者属于特定行业的公司，应当采取国有独资公司形式。此条规定明确了生产特殊产品的国有企业以及属于特定行业的国有企业（以下简称“两特”企业）应采取国有独资公司形式。“两特”企业是关系国家安全和国民经济命脉的重要行业和关键领域，必须在这些行业和领域中保持国有资本的绝对控制力，而国有独资公司正是适应这一要求的，因此在这些特殊的行业和领域保留国有独资公司是非常必要的。而“两特”企业之外的国有独资公司正如前文所述，存在的意义已经不大。如果完全去掉“国有独资公司”部分，这些“两特”企业将会处在非常尴尬的境地，而且自１９９３年《公司法》实行以来，已成立或改制为国有独资公司的数量不少于千家，这些公司又将如何发展？是沿用国有独资公司制度，还是再进一步改革？
