在时效问题上，最值得关注的当属股东会或股东大会、董事会违法决议的司法救济所适用的诉讼时效该如何计算。对这个问题的相应规定就是：新公司法第22条和旧公司法第111条。
旧公司法第111条规定：“股东大会、董事会的决议违反法律、行政法规，侵犯股东合法权益的，股东有权向人民法院提起要求停止该违法行为和侵害行为的诉讼。”
新公司法第22条第一款和第二款规定：“公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。”
根据旧公司法第111条的规定，从字面理解，股东有权提起的诉讼是“停止侵害之诉”，性质上属于侵权之诉。对于这种救济方式，原公司法并没有单独规定诉讼时效，因此我们认为应当依照《民法通则》第135条的规定，适用两年的诉讼时效。“停止侵害”是法定的承担民事责任的方式之一，这一方式属于事中救济。
对于股东会的违法决议，股东如何保护自己的权益，旧公司法没有作出更明确的规定。显然，仅仅一句操作性不强的“股东有权向人民法院提起要求停止该违法行为和侵害行为的诉讼”，是无法真正保护股东利益的。
新公司法对该条做了较大改动，针对股东会或者股东大会、董事会的决议内容以及召集程序、表决方式存在的瑕疵情形都作出了规定。其一，规定违反法律、行政法规的决议内容无效，但对于这种无效的救济，却没有规定。是否应当比照该条第二款的规定，自决议作出之日起60日内，请求法院确认无效，对于这一问题需要司法解释予以明确。其二，规定会议的召集程序、表决方式违反法律、行政法规或公司章程或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。可以看出，新公司法对于股东这一撤销权的诉讼时效做出了特殊规定，即60天。我们下面来讨论一下后面这种情形，在新旧法律适用衔接上可能出现的问题。
如果股东会或者股东大会、董事会的违法决议是在新公司法施行以前做出的，股东向法院提起诉讼的依据应当是旧公司法第 111条的规定，诉讼时效应当是2年。如果股东是在新公司法施行以后向法院起诉，那么其诉讼时效应如何确定？是适用《民法通则》的2年还是新公司法的60 天？
有学者主张适用新公司法第22条的规定，诉讼时效为60天，不过这60天是从2006年1月1日起算的。这样好处是可操作性强，但是也存在着这样一些问题：必须明确对于发生在什么时间范围内的违法决议，股东的诉讼时效可以顺延至2006年1月1日起60天。比如，违法决议是 2004年1月2日做出的，股东如果可以顺延至在2006年3月前起诉，则其实际的诉讼时效超过了2年。而且越接近2005年底的，诉讼时效越短。如此可能出现的情形就是股东们极有可能集中在2006年的前两个月向法院起诉，大大加重了司法系统的负担。这样一刀切的做法抹杀了实践中存在的差异。
根据“法不溯及既往”的基本法理，新法只能对其施行以后的行为发生法律效力，而不能溯及到其施行以前的行为，这是为了保证人们能够对自己行为的后果进行预期，从而对是否行为以及如何行为作出判断。诉讼时效虽然从表面上看属于一个程序问题，而实质上却涉及到当事人的实体权利即胜诉权的问题，而且立法上关于诉讼时效的规定也都体现在实体法中。对于诉讼时效这一问题，应当以当时的法律为依据。据此，笔者认为对于在新公司法施行前所发生的股东会或者股东大会、董事会的违法决议，股东们应当自违法决议作出之日起2年内向法院起诉。这样既可以保证法律适用上的平等，又有利于保护当事人的可预期利益。
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