公司章程对公司内部关系和经营行为的调整，始终以股东利益保护为中心。公司章程的内容始终以股东利益为核心。无论是公司章程的积极变更，还是消极变更都可能会损害股东利益。
公司章程的积极变更使股东利益受损。即通过修改公司章程的作为，使股东利益受到损害。公司章程可称之为公司的“宪法”，在制定时，除法定条款外，每一条款都是股东集体意志的体现，任何条款的变更都是对股东初始意志的放弃。公司章程的修改如果没有依据法定的标准和程序，就会损害股东的意志。
首先是大股东利用对公司的控制权，对公司章程“乱”变，制定特权条款。公司，特别是上市公司的控股权实际上由大股东所掌握。大股东为了满足自身的利益，利用章程的自制规章性和多数股权，操纵章程的变更，设置了很多特权条款。其内容主要有两类：一类是向董事会授权(实际上是向相对控股大股东授权)，绕开股东大会进行决策;另一类是大股东通过不公平条款给收购者设置障碍，以达到反对收购的目的，从而保护自身利益。以反收购为例，收购与反收购实际上是对企业控制权的争夺，产权交易过程虽然是所有权的转移，但真正的动因来自经营权的竞争。收购对目标公司的各类利益主体都有不同程度的影响，其中，对目标公司董事会成员的影响最为严重。收购的潜在威胁能对公司的经营管理者形成有效监督。收购有利于优化社会资源的配置，淘汰不好的经营者，降低代理成本。
其次，公司章程变更中采用资本多数决原则，使小股东或种类股股东利益受损。公司章程的修改，一般是由股东大会决议通过。股东大会的表决实行资本多数决，小股东的意志表达受到限制。因为修改前的《公司法》没有规定股份收购制度和股东诉权，所以修改不当的公司章程就缺乏一种纠偏机制。小股东在股东会上实际上没有用手投票的权利，只能寄希望于“用脚投票”，但公司章程常常对股份转让设置了很多“绊脚石”。公司有可能根据本公司的实际情况，发行不同种类的股份。资本多数决原则的实行，种类股份股东的利益，很容易受到忽视或者轻视。
公司章程的消极变更也会使股东利益受损。即公司章程应当修改的时候，公司的董事会不是积极召开股东(大)会修改公司章程，而是消极的不作为，从而损害股东利益。《公司法》修改前，股东很难启动修改公司章程的程序。修改前的《公司法》规定，有限责任公司临时股东会需要代表四分之一以上表决权的股东请求，股份有限公司临时股东大会需要持有公司股份百份之十以上的股东请求时才能召开。而修改后的《公司法》规定，有限公司只需代表十分之一以上表决权的股东提议，股份公司只需单独或者合计百份之十以上股份的股东请求时就可以召开临时股东(大)会。并且在股东请求之后，如果董事会不召开股东(大)会，股东可自行召集和主持股东(大)会。
