依据体系化理论，民法的概念和规定，确定性规定和不确定性规定，基本原则和具体原则、总则和分则以及普通法和特别法等形成一个庞大体系。这些概念、规定和原则在抽象化程度上因其具有位阶性而形成一个位阶分明、内部协调统一的金字塔形的民法体系。
法律概念、规定和原则的位阶结构，除了在逻辑上形成属概念与种概念的演绎关系外，在法律适用上也形成效力关系。即下位阶概念规定优先于上位阶概念、规定而适用。这就是“特别法优于普通法”的原则。对体系化法律的适用按照其适用规则，民法学家李开国教授认为，“法官尽先适用低位阶的对案件具有直接针对性的具体规则，只有在低位阶的具体规则中找不到可适用的法律时，才允许法官沿法律之阶梯搭级而上，适用较为抽象的法律规则或法律原则。这就将法官的自由裁量权限制在了可容忍的范围之内，既有利于督促法官依法办事，又不妨碍法官在体系控制之范围内进行创造性的司法活动”。
《继承法》第十六条是低位阶规定，《民法通则》第七条是高位阶规定，根据上述理论，应优先适用《继承法》的规定。同时，《继承法》是特别法，《民法通则》是普通法，在审理继承纠纷案件时，按照“特别法优于普通法”的原理适用《继承法》的规定。因为特别法是为了解决特别问题而设，是为补充普通法的不足而制定的。
由于立法者观察能力有限，不可能预见未来发的一切事情，也由于立法者表现手段有限，即使能预见将来一切问题，也不可能在立法上完全表现出来。
更由于立法层次和立法技术上的原因，特别法和普通法矛盾、冲突、不一致的情况存在不少，特别法的规定违背普通法的基本原则的现象也不时出现，比如《邮政法》和《民法通则》就存在冲突。当邮政企业及其工作人员因投递电报等邮件延误面导致用户遭受重大财产损失时，《邮政法》规定邮政企业只退回拍发电报的费用。
损失了巨额财产却只赔偿区区几元拍发电报的费用，这显然违反了《民法通则》所规定的基本原则-公平原则。但是，由于特别法优于普通法，故只能优先适用特别法《邮政法》而不适用《民法通则》的公平原则及其有关损害赠偿的规定。再如《商标法》颁布后，因为我国采用注册在先的原则，加上《商标法》本身的缺陷，出现了商标抢注行为，一些企业和个人把其他人、其他企业使用多年而且在全国有一定影响的商标注册为已有。商标抢注行为是严重违反《民法通则》所规定的基本原则-诚实信用原则的。但由于合乎民法特别法《商标法》的规定，因而是合法的。
根据体系化理论，绝大多数法律概念和法律规定都负荷着价值。法律概念、规定负荷的价值依据其抽象程度也呈位阶结构，形成一个位阶分明、和谐统一的金字塔般的体系。价值位阶性的效力是下位阶价值不得抵触上位阶价值，任何价值均不得违背正义。在法律适用中，有些法律规定可能违背宪法原则或者部门法的基本原则，即所谓“恶法”。
恶法因其所负荷的价值抵触了上位阶价值，因而从理论上讲是无效的。然而在司法实践中必须依照法律适用的一般原则处理。否则，有具体的法律规定而不用，有可能导致有法不依。《商标法》在这方面提供了一个很好的解决问题的模式。
针对日益严重的商标抢注行为，2001年10月27日，第九届全国人大常委会修改了《商标法》，针对商标抢注行为增加了两个条文，即第三十一条：“申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。”第十五条：“未经授权，代理人或者代表人以自己的名义将被代理人或者被代表人的商标进行注册，被代理人或者被代表人提出异议的，不予注册并禁止使用”。增加的这两个条文以及其他条文的修改，一般来说，可以有效地禁止商标抢注行为了，这也就妥善地解决了《商标法》和《民法通则》基本原则的冲突的问题。
