首先,李慧娟法官的法律推理是正确的。司法机关审判案件的过程实质上包括两个阶段,即查清案件事实的过程和适用法律的过程。法律事实的查清需要依据法定程序,法官根据专业知识,站在中立的立场,亲耳听到、亲眼看到当事人提供的证据,形成内心确信,采信经证据证明的事实。法律的适用需要法官在现实有效的法律规范中,寻找到适合本案的法律规范。当有唯一的法律规范适用本案时,法官自可不费周折,直接适用相应规范,裁判案件。当有两个以上(包括两个)法律规范适用本案时,法官要对适用的法律规范进行审查,运用法律规范的适用规则,最终确定适用本案的法律。本案中,李法官通过搜寻,查到了适用本案的两个法律规范。根据法律推理的规则(下位法与上位法不一致时,适用效力更高的上位法),寻找到了适用本案的有效的法律规范,即全国人大常委会的种子法,综观李法官的推理过程,是符合法律规范统一原则的。
其次,李慧娟法官的判决宣告是有疑问的。本案的争议在于,作为河南省人大常委会制定的地方性法规——种子条例与全国人大常委会制定的国家种子法不一致后,法官是否有权宣告下位法自然无效。按照我国的宪政体制,我国是按照民主集中制原则建立的人民代表大会制度。与西方国家按三权分立原则组建的国家政权不同,中国的国家政权并非在水平方向上划分国家立法权、行政权、司法权,实行三权之间的均质化与制衡。我国的行政机关、审判机关、检察机关由人民代表大会产生,向其负责,受其监督。然而,我国的政府以及两院不能反过来制约国家权力机关。本案中,李慧娟法官在法律推理的基础上,可以直接适用全国人大常委会制定的种子法,但不能宣告地方性法规无效,从而挑战地方国家权力机关的权威。也许有人为李法官辩护,认为她在维护国家法制的统一和尊严,甚至最终会导致违反上位法的地方性法规被撤销或立法机关自行更改,但就实证法而言,它必定与中国当下的人大制度存在抵触。人大制度是一回事,人大制度完善是另一回事。
最后,李慧娟法官的正确做法,也许应该暂停案件的审判,将此案逐级报最高法院,由最高法院提请全国人大常委会审查该地方立法是否合法,由最高立法机关处理法规之间的冲突问题。因为我国立法法规定,最高法院有权向全国人大常委会提出法规审查的建议。当然,依据立法法的实体规定,李慧娟法官也可以个人的名义向全国人大常委会提出法规审查的建议,由常委会的相关工作机关决定是否启动审查程序。