如何确定商业秘密鉴定机构的资质，理论界和实践中存在不同的理解和做法。“司法鉴定的决定”规定“国家对从事下列司法鉴定业务的鉴定人和鉴定机构实行登记管理制度：(一)法医类鉴定；(二)物证类鉴定；(三)声像资料鉴定；(四)根据诉讼需要由国务院司法行政部门商最高人民法院、最高人民检察院确定的其他应当对鉴定人和鉴定机构实行登记管理的鉴定事项。法律对前款规定事项的鉴定人和鉴定机构的管理另有规定的，从其规定”。“司法鉴定的决定”同时还明确要求“国务院司法行政部门主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作。省级人民政府司法行政部门依照本决定的规定，负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制和公告”。“申请从事司法鉴定业务的个人、法人或者其他组织，由省级人民政府司法行政部门审核，对符合条件的予以登记，编入鉴定人和鉴定机构名册并公告。”“省级人民政府司法行政部门应当根据鉴定人或者鉴定机构的增加和撤销登记情况，定期更新所编制的鉴定人和鉴定机构名册并公告。”“在诉讼中，对本决定第二条所规定的鉴定事项发生争议，需要鉴定的，应当委托列入鉴定人名册的鉴定人进行鉴定。鉴定人从事司法鉴定业务，由所在的鉴定机构统一接受委托。”
目前我国对包括商业秘密在内的知识产权司法鉴定机构的管理“另有规定”，因此有人认为商业秘密的司法鉴定机构应当根据省级人民政府司法行政部门确认并公告的机构才有从事商业秘密鉴定的资格，人民法院编制的鉴定机构名册不能成为确定机构资格的依据。问题是，如果人民法院在司法行政部门公布的鉴定机构名册找不到与鉴定目的相一致的鉴定机构如何处理？最高人民法院曾经在《人民法院报》公布了《人民法院司法鉴定人名册》，由于“司法鉴定的决定”规定编制司法鉴定人名册是司法行政部门的职权，故上述名册便不具有合法性的依据，但实践中，基于案件审理的实际需要，司法行政部门公告的鉴定中找不到适合案件鉴定需要的鉴定机构时，人民法院仍然会“慎重”选择名册中的鉴定机构。应该说，在目前情况下，人民法院的这种“权宜”做法未尝不可。但是，这一做法的前提是“找不到适合案件鉴定需要的鉴定机构”，但对这一前提的判断本身具有相当的主观性，因此，当这些机构作出的鉴定结论不利的当事人，便对会对鉴定结论的合法性、可采性产生极大的质疑。
问题不仅如此，即便鉴定机构得以确定，但在商业秘密司法鉴定中更重要的是鉴定人如何确定？如上所述，商业秘密的秘密性成立与否取决所属领域的相关人员是否普遍知悉或者容易获得，虽然鉴定机构的鉴定人员具有法定的资质，但基于商业秘密司法鉴定的特殊目的和要求，具有鉴定资质的人未必具有与案件鉴定需要相匹配的专业知识和行业经验，即鉴定人员有鉴定资质却无鉴定能力。2007年10月1日起施行司法部《司法鉴定程序通则》(司法部令第107号)规定“司法鉴定机构在进行鉴定的过程中，遇有特别复杂、疑难、特殊技术问题的，可以向本机构以外的相关专业领域的专家进行咨询，但最终的鉴定意见应当由本机构的司法鉴定人出具”。但实践中，鉴于专家搜索困难、鉴定期限和经费等方面的原因，鉴定机构聘请外部专家进行咨询的情况并不多，而且按照《通则》外部专家并非鉴定人员，不对鉴定结论承担法律责任，对外部专家的拘束力有限。目前的这种体制在很大程度上导致了商业秘密鉴定结论的权威性。笔者认为，涉及商业秘密的司法鉴定，鉴定人员的组成应当体现“所属领域相关人员”的特点，应当将其纳入鉴定人的范围，或者应当明确，涉及商业秘密的司法鉴定，应当举行“所属领域相关人员”听证会，听证会意见应当作为鉴定结论的基本依据，鉴定结论采纳听证会意见的，听证会专家应当对鉴定结论负责。
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