是否具备独创性的认定。独创性是作品的最重要构成要件，是否具备独创性是著作权案件中最为重要和最为常见的争议焦点。例如，在最高人民法院(2010)民三终字第6号方正诉暴雪侵害著作权纠纷案中，计算机字库中单字字形是否具备独创性，是否构成作品，成为该案件的主要争议焦点之一。是否具备独创性是否可以通过鉴定来判断，也成为司法实践中常见的问题。独创性是否可以交由鉴定机构来认定，取决于独创性是事实问题还是法律问题。虽然各国均要求作品必须具备独创性才能受到著作权法保护，但不同国家对独创性的界定有不同的标准。具体而言，按照从严格到宽松的顺序排列，有代表性的独创性标准可以分为四类，分别是：欧盟的标准，要求作品体现个性化的智力创造成果；美国Feist案的标准，要求作品体现少量的创造性；美国AlfredBell案的标准，要求作品体现可以识别的而不是细微的差异；加拿大CCH案的标准，要求作品体现并非机械和琐碎的技能和判断；英国的标准，要求作品体现技能和劳动。这表明，在不同国家，是否具备独创性的结论完全有可能根据法律规定的变化而变化。例如计算机字体是否具备独创性，由于不同国家的具体认定标准不同，因此结论也不相同。按照第一种方法判断，是否具备独创性明显不属于无论法律如何规定该待定事实的结论均不会发生变化的的问题。因此，是否具备独创性是法律问题而非事实问题，不能由鉴定机构来认定。国内外历史上凡是对独创性具体认定标准有重要影响的案件，都体现了法官从法律逻辑、政策导向等多个角度的深入分析，这是司法核心权力的运用，绝非鉴定机构可以分享的权力，也绝非鉴定机构能够完成的任务。因此，按照第二种方法可以认定，是否具有独创性属于法律问题，不能由鉴定机构来认定。
是否抄袭的认定。著作权侵权纠纷涉及多种侵权方式，抄袭是基本的侵权方式之一。是否抄袭能否交由鉴定机构来认定，涉及认定抄袭的判断规则。衡量侵犯复制权与否的一条基本原则，就是看被诉侵权人的作品中，是否以非独创的方式包含了著作权人原作品中的独创性成果。这条原则表明，虽然原、被告的作品中有相同的表达，但如果相同的表达是公有领域内的素材，被告作品中有原告作品中的非独创性成果，也不构成对原告作品的抄袭。是否构成抄袭的认定方法中，著名的有美国联邦第二巡回上诉法院1992年在计算机软件著作权侵权纠纷中确定的三步判断法。
第一步，抽象法。首先把原、被告作品中属于不受保护的思想本身，从思想的表达中排除出去。
第二步，过渡法。把作品中公有领域中的内容排除在外。
这种认定方法实际上早在1991年我国审理的《末代皇帝的后半生》著作权纠纷案中的审理中得到了应用。在该案中，法官认为应当对比原、被告作品中既不属于思想又不属于公有事实的相同点。在司法实践中，可以先对原、被告的作品进行对比，将相同的内容确定下来，然后再将公有领域中的内容排除在外，最后再判断剩下的内容中是否有应当排除在外的思想、表达是否实质相同。在这几步中，思想与表述的区分和是否实质相同的判断在著作权法上是一个复杂的问题，其判断结论受到具体判断规则的影响，其判断结论的确定要考虑社会效果、司法政策等诸多因素，因此属于法官的权力范围，并非可以由鉴定机构认定的事实问题。至于原、被告作品中相同的内容的认定，并不会因为法律规则的变化而变化，而且这一问题的认定也不需要考虑社会效果、司法政策等各种因素，因此属于事实问题。如果原、被告作品涉诉的内容非常复杂，为了节省时间和精力，可以交由鉴定机构来认定。上述分析表明，是否抄袭是一个事实和法律混合的问题，抄袭的认定既有事实问题的认定，也有法律问题的认定，只有事实问题的认定才可以交由鉴定机构来判断。
计算机软件侵权的认定。在司法实践中，如果原告方指控被告方软件S1.0侵犯了其软件V1.0的著作权，被告方否认侵权，在此情形下，是否能够委托鉴定鉴定机构对V1.0是否侵犯S1.0的著作权进行鉴定？一种观点认为，是否侵权涉及法律判断，不能进行鉴定。另一种观点认为，是否侵权的判断涉及专业问题的判断，可以进行鉴定。第一种观点有一定的道理。是否侵权包含了法律判断。在双方软件源代码的异同性比较清楚的情况下，按照三步判断法，思想与表述的区分以及是否实质性相同的判断是法律问题，只有相同的表达是否属于公有领域的内容完全可以通过证据来证明，属于事实问题。如果具体案件中涉及的内容比较繁杂，可以交由鉴定机构来帮助法官进行认定。但对于侵权认定中涉及的法律问题，鉴定机构并不能取代法官作出判断。第二种观点也有一定的道理。是否侵权包含了专业性问题的判断，虽然是否侵权包含了法律判断，但这个法律判断是以事实判断为前提作出。事实前提是，双方软件源代码的异同性如何。法官并不熟悉各种计算机高级语言，因此对高级语言写成的源代码的异同性的判断并不擅长，源代码异同性的认定具有一定的专业性，可以通过鉴定机构交由熟悉计算机高级语言的专家来判断。随着软件功能、结构和代码的不断复杂化，通过鉴定来认定软件异同性可以为侵权认定打下坚实的事实基础。
上述分析表明，软件是否侵权的判断，并非单纯的事实或法律问题，是以事实认定为前提并需要进行法律判断的混合型问题。其中事实认定可以委托鉴定机构判断，法律问题则必须由法官认定。如果涉案计算机软件并不复杂，或者合议庭成员比较熟悉计算机软件的基本技术知识，计算机软件的异同性判断也可以由法官来直接认定。司法实践中有以下具体判断步骤和方法：
第一，软件存储介质内容对比。对比分别存储双方计算机软件的光盘或软盘的内容，包括对比目录、文件的数量、名称及文件的大小。
第二，软件安装过程的对比。分别安装双方的软件，对比二者在安装过程中的屏幕显示内容，如提示信息、安装流程、界面整体设计风格等。
第三，软件安装目录对比。在软件安装成功后，对安装后的目录、文件建立(或修改)的时间、文件的属性信息等进行对比。侵权者容易在上述地方留下蛛丝马迹。
第四，软件运行状况对比。在双方的软件安装成功后，分别运行，对比二进运行过程中的屏幕显示内容，如界面整体风格、菜单功能选项、运行提示、帮助信息等。
第五，软件代码对比。对比双方软件的源代码和目标代码。在计算机软件侵权纠纷中，即使软件源代码相同，有的被告还会提出表达方式有限的抗辩。表达方式是否有限的认定，并没有更为具体的法律规则，也不需要进行利益平衡和价值选择，因此属于事实问题。
但是，并非所有事实问题都需要进行鉴定，如果并非专门性的事实问题，法官应当根据证据直接进行判断，不必委托鉴定。在司法实践中，有法院就认为，对于表达方式有限、相同部分属于公有领域的抗辩是否成立，应当由被告举证证明，法院并不委托鉴定机构对表达方式是否有限进行判断。
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