第一，反垄断法仅调整会产生限制市场竞争效果的行使知识产权的行为，不产生限制竞争效果的行为不属于反垄断法的调整范围。如发明人在获得一项专利后，可以对其专利产品或专利方法行使制造、使用、销售等专有权利，在这种情况下，不管专利权人是否具有支配市场的力量，都不会产生反垄断法上的问题。反垄断法主要调整知识产权许可中可能限制竞争的行为。
第二，反垄断法在调整知识产权许可行为时，对知识产权法明确规定属于知识产权人的权利范围的行为，不再进行调整。如根据美国专利法的规定，专利权人可以在不同的区域内，分别授权给不同的人使用其所有的专利，由于专利法已经明文规定这一项权利，因此美国法院一般均视本项规定属于反托拉斯法适用例外的规定，允许专利权人在授权契约中规定被授权人所可以使用的专利的区域。 显然，如果仅按照反垄断法的一般理念，这种做法属于反垄断法所调整的划分地区市场的限制竞争协议范畴。
第三，许可方在知识产权许可协议中出于维护自己的品牌的需要或者为了确保最低回报等目的对被许可方所作的产品质量、价格、生产数量等限制并不当然违反反垄断法，如欧共体委员会通过的《技术转让协议集体适用欧共体条约第85条第3款的第240/96号条例》中的白色条款部分中规定的要求被许可人就被许可的产品生产必须符合最低要求的质量规范、被许可人有义务生产最低数量的产品或对被转让技术进行最低次数的使用活动、被许可人有义务尽最大努力使用被转让的技术等条款均被视为不产生限制竞争影响的条款。这也是美国、日本等国的通行做法。此种限制的目的在于保证知识产权人获得足够的利益回报。
第四，反垄断法在评价已经构成典型的限制竞争行为的知识产权许可协议条款时，仍然会进一步考虑到该行为对维护知识产权人的利益、促进技术创新等正面价值，而不是仅仅套用反垄断法中的通行做法。如1996《技术转让协议集体适用欧共体条约第85条第3款的第240/96号条例》列入黑色条款的内容的行为数量较1984年的专利集体豁免条例和1988年的技术秘密转让集体豁免条例的数量已经大为减少，并且涉及到技术转让的传统上属于当然违法的限制竞争协议如价格约束、禁止竞争、禁止出口、限制客户等行为虽然被列入了黑名单，但仍然可能通过个别申请获得个别豁免。 在美国反托拉斯法执行中，司法部在20世纪80年代前，对知识产权许可协议采取较为严格的执法，以70年代的“九不”原则为代表，将搭售、转售对象限制、转售价格维持、强制性整批授权等行为一律视为不法，但到80年代中期以后，司法部开始更多地用“合理原则” 评判这些限制，考虑知识产权的特殊性及其正面价值。维持转售价格等行为在反托拉斯法执法中一直适用“本身违法”原则，但在涉及知识产权的场合，法院仅在商品投入流通渠道，并且为零售商拥有所有权后，才不得继续维持转售价格。
第五，反垄断法适用时会考虑到许可人的市场地位以及是否同时是被许可一方的竞争者。如在搭售协议中，销售者是否具有市场支配力，是考量协议是否违法的重要因素，在其他限制条款中，如果许可方同时参与竞争，则协议性质可能由纵向限制竞争协议转化为横向限制竞争协议，将适用更为严格的反托拉斯法审查。
