总理事会:在部长会议休会期间,由全体成员代表组成的总理事会代行部长会议职能。总理事会可视情况需要随时开会,自行拟订议事规则及议程。随时召开会议以履行其解决贸易争端和审议各成员贸易政策的职责。
总理事会下设货物贸易理事会;服务贸易理事会;知识产权理事会。这些理事会可视情况自行拟订议事规则,经总理事会批准后执行。所有成员均可参加各理事会。
各专门委员会:部长会议下设立专门委员会,以处理特定的贸易及其他有关事宜。已设立贸易与发展委员会;国际收支限制委员会;预算、财务与行政委员会;贸易与环境委员会等10多个专门委员会。
秘书处与总干事:世贸组织成立由一位总干事领导的世界贸易组织秘书处(下称秘书处)。世贸组织秘书处设在瑞士日内瓦,大约有500人。秘书处工作人员由总干事指派,并按部长会议通过的规则决定他们的职责和服务条件。
总干事由部长会议选定,并明确总干事的权力、职责、服务条件及任期规则。世贸组织总干事主要有以下职责:他可以最大限度地向各成员施加影响,要求它们遵守世贸组织规则;总干事要考虑和预见世贸组织的最佳发展方针;帮助各成员解决它们之间所发生的争议;负责秘书处的工作,管理预算和所有成员有关的行政事务;主持协商和非正式谈判,避免争议。
截至1999年5月,世贸组织共有30多个理事会和常设委员会。这个数目是关贸总协定的两倍,世贸组织制度建设比关贸总协定要完善得多。