(l)育种人才的争夺与流失。国外一些大公司或育种机构强大的资本优势，会不计一时一事之得失，而是从占领玉米育种和种业市场的长期战略考虑，不惜高薪聘请国内玉米育种经验丰富的专家，造成人才流失，最终使国内的玉米育种水平下降，竞争力丧失。美国杜邦公司的资本约400亿美元，每年投资其子公司先锋公司的研究经费已达5亿美元。国外一些公司以年薪数十万元优厚待遇，已从我国挖走了数十名育种、开发人才。国内育种等科技人员待遇的低下与外企高薪优厚待遇的诱惑，加速了育种等技术人才的流失。
(2)种子市场的失控。美国先锋、孟山都和泰国正大等公司已在国内大规模地开展玉米育种研究，美国岱字棉公司已占据我国黄淮海大部分棉花市场。据不完全统计，我国棉花、油葵和甜菜品种1/3的市场被外企控制。随着《植物新品种保护条例》和《种子法》的实施，拥有品种权或拥有独立知识产权的品种，将成为控制种子市场的首要条件。目前我国地市以下级种子经营、开发单位基本上没有作物育种的研发能力，难以拥有品种权。国外种子企业为了控制种子市场，其育成的新品种都进行了品种权的保护。
(3)种质资源流失。种质资源是育种的基础，国外公司进驻后，肯定会加大种质资源的收集力度，甚至不惜重金购买。一些经过多年培育、具有很好适应性的优良种质一旦流失，将会使玉米育种单位失去种质优势，从而给育种机构造成重大损失。
(4)生物技术领域存在差异。尽管我国常规育种水平与发达国家相当，但在转基因等生物育种技术方面仍有明显差异。在育种综合实力的比较中，国内育种机构将处于下风，在长期的竞争中处于不利地位。
(5)运作模式上的差异。尽管我国从事玉米育种的单位较多，但较为分散，人力资源、种质资源、财力资源难以形成共享，形不成竞争核心。
针对加入WTO面对的机遇和挑战，我国玉米育种应该采取相应的措施与对策，趋利避害，以达到发展之目的。
(l)强化法律意识。首先要强化法律意识，熟悉游戏规则，在竞争中依法办事，做到有的放矢，在保护好自身利益的同时，利用好入世后的各项法律法规，最大可能地获取市场利益。
(2)加强内外联合。尽快实行强强联合，多边合作，资源共享，优势互补的方针，加快玉米育种事业的发展。在巩固我国玉米育种优势的基础上，尽快走出去，寻求国外发展。
(3)加强政府指导，用好 “绿箱”政策。加入WTO后，政府应加强对玉米育种的宏观指导，必要时，可利用“绿箱”政策，对一些事关我国长期玉米生产的重要项目给以必要的资金支持。因为加入WTO后，政府对农业的科技投入尽管也是一种政策性补贴，但这在农业多边贸易协定的框架内是允许的，因此，政府应支持育种实力雄厚的单位，给予更多的项目资金，加速玉米育种事业的发展。
(4)提高育种技术和育种水平。在加入WTO后的4年缓冲期内，在搞好新品种选育的同时，加快提高和武装自己，加强在生物技术方面的研究，以提高今后的竞争能力。
(5)调整育种方向。根据玉米用途和消费的发展方向，调整玉米育种目标，适度发展优质专用玉米，以品质求发展，以优质求生存。育种机构在加强常规玉米育种抗病抗倒性选择的同时，要搞好饲用玉米和青贮玉米育种，强调工业加工玉米育种，作好食用玉米育种。只有做到人无我有，人有我优，才能在竞争中不断取胜。
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