1、案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的；而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。
2、犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大，案件一经起诉人民法院必须依法进行审判，除公诉机关认为所指控的事实不清，证据不足，不能对被告人定罪和处以刑罚申请撤回起诉，人民法院准许撤回起诉外，人民法院必须依据审理中查明的事实和证据，依法作出有罪或无罪判决。而自诉案件犯罪行为的性质多数不甚严重，对社会的危害性也比较小，因而，自诉人在判决宣告前可以同被告人自行和解或撤回自诉，对告诉才处理和有证据证明的轻微刑事案件，可以进行调解。
3、审查程序不同。与庭审方式改革相适应，现行刑事诉讼法弱化了公诉案件进行庭前审查的实体内容，基本上实行程序性审查，即审查只要符合“起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有证据目录、证人名单和主要证据复印件或照片的”，人民法院就应当决定开庭审判，审查的主体是负责该案审理的审判组织成员；而自诉案件则应经二次审查，第一次是立案前的程序审查，审查是否符合立案标准，根据立、审分立的原则，审查的主体应是专门审查立案的人员。第二次审查是开庭前的实体审查，审查是否符合“犯罪事实清楚，有足够证据”这一开庭审理的必备条件，符合开庭审理条件的应转到开庭审理程序，不符合开庭审理条件的，应说服自诉人撤回自诉或裁定驳回起诉，审查的主体是负责该案审理的审判组织人员。
4、当事人的诉讼权利不完全相同。如：1、自诉案件的被告人及其法定代理人在诉讼过程中有权提起反诉；而公诉案件的被告人及其法定代理人虽然有权对司法人员侵犯其诉讼权利提出控告，但绝不能就案件事实本身对司法人员提出反诉；2、自诉案件的被害人作为自诉人如果对地方各级人民法院第一审判决或裁决不服的，有权在法定上诉期内按照法定程序向上一级人民法院提出上诉，享有独立的上诉权；而公诉案件的被害人没有独立的上诉权，无权对地方各级人民法院第一审判决或裁定提出上诉，只能自收到判决书五日以内，请求人民检察院在法定期限内按照法定程序提起抗诉。
5、当事人的诉讼地位不同。自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位，而公诉案件中公诉机关(人民检察院)居原告地位，被害人则处于证人地位。
6、当事人行使诉讼权利的时间不同。如1、公诉案件自案件移送审查起诉之日起，犯罪嫌疑人有权委托辩护人；而自诉案件的被告人随时有权委托辩护人；2、公诉案件的被害人及其法定代理人或者近亲属，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人，自案件移送审查起诉之日起，有权委托诉讼代理人；而自诉案件的自诉人及其法定代理人，附带民事诉讼的当事人及其法定代理人，有权随时委托诉讼代理人。
7、举证责任不同。自诉案件的举证责任规定为完全由自诉人承担，对于缺乏证据的自诉案件，人民法院有权限期自诉人补充证据，如果自诉人提不出补充证据，人民法院又无法调取和收集到必要的证据，应说服自诉人撤回诉讼，或者裁定驳回诉讼；而公诉案件的被害人只是就自己遭受犯罪行为直接侵害的事实和有关犯罪嫌疑人的情况向司法机关如实进行陈述和控告，至于收集和核对案件事实和证据以及查获犯罪嫌疑人是司法机关应尽的职责；被告人也没有证明自己有罪和无罪的责任，司法机关只有依照法定程序收集到确实充分的证据，才能对被告人提起诉讼和处以刑罚，由此可见，公诉案件的举证责任完全由公诉机关承担。
8、刑罚处罚的轻重不同。自诉案件的刑罚处罚，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制；而公诉案件的刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑。
9、案件的可分性特点不同。自诉案件中的一个犯罪行为侵害了数个人的利益，受害人不只一人，而是数人，在这种情况下，其中任何一个受害人都有权单独向人民法院提出控诉，没有提起控诉的受害人，有权放弃诉讼。如果是数人共同对某一人实施某一犯罪行为，受害人有权对其中的一人或几人提起控诉，两种情形不管属于哪一种情形，受害人的控诉均应视为有效，不受限制；但公诉案件的情况恰恰相反，它具有一案不可分的特点，即一个被告人犯了数罪，或共同犯罪案件中的所有被告人，都必须一案审理，不能“一罪一审”或“一人一审”。
10、审理期限的要求不同。根据刑事诉讼法第一百六十八条的规定，人民法院审理公诉案件应当在受理后一个月内宣判，至迟不得超过一个半月。重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件及交通十分不便的边远地区的重大复杂案件等，在上述期限内不能办结的，经省、直辖市、自治区高级人民法院批准或决定，审理期限可延长一个月。根据《刑事诉讼法司法解释》第一百零九条的规定，适用普通程序审理的被告人羁押的自诉案件的审理期限、延长审理期限的理由、批准或决定延长审理期限的机关及可延长的期限和公诉案件一致；但适用普通程序审理被告人未被羁押的自诉案件，应当在立案后六个月内宣判，有特殊情况需要延长审理期限的，由本院院长批准，可以延长三个月。
