(一)案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的;而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。
(二)犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大，案件一经起诉人民法院必须依法进行审判，除公诉机关认为所指控的事实不清，证据不足，不能对被告人定罪和处以刑罚申请撤回起诉，人民法院准许撤回起诉外，人民法院必须依据审理中查明的事实和证据，依法作出有罪或无罪判决。而自诉案件犯罪行为的性质多数不甚严重，对社会的危害性也比较小，因而，自诉人在判决宣告前可以同被告人自行和解或撤回自诉，对告诉才处理和有证据证明的轻微刑事案件，可以进行调解。
(三)审查程序不同。与庭审方式改革相适应，现行刑事诉讼法弱化了公诉案件进行庭前审查的实体内容，基本上实行程序性审查，即审查只要符合“起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有证据目录、证人名单和主要证据复印件或照片的”，人民法院就应当决定开庭审判，审查的主体是负责该案审理的审判组织成员;而自诉案件则应经二次审查，第一次是立案前的程序审查，审查是否符合立案标准，根据立、审分立的原则，审查的主体应是专门审查立案的人员。第二次审查是开庭前的实体审查，审查是否符合“犯罪事实清楚，有足够证据”这一开庭审理的必备条件，符合开庭审理条件的应转到开庭审理程序，不符合开庭审理条件的，应说服自诉人撤回自诉或裁定驳回起诉，审查的主体是负责该案审理的审判组织人员。
(四)当事人的诉讼权利不完全相同。
1、自诉案件的被告人及其法定代理人在诉讼过程中有权提起反诉;而公诉案件的被告人及其法定代理人虽然有权对司法人员侵犯其诉讼权利提出控告，但绝不能就案件事实本身对司法人员提出反诉;
2、自诉案件的被害人作为自诉人如果对地方各级人民法院第一审判决或裁决不服的，有权在法定上诉期内按照法定程序向上一级人民法院提出上诉，享有独立的上诉权;而公诉案件的被害人没有独立的上诉权，无权对地方各级人民法院第一审判决或裁定提出上诉，只能自收到判决书五日以内，请求人民检察院在法定期限内按照法定程序提起抗诉。
(五)当事人的诉讼地位不同。自诉案件中的被害人是自诉人，居原告地位，而公诉案件中公诉机关(人民检察院)居原告地位，被害人则处于证人地位。
