《刑事诉讼法》规定立案程序为刑事诉讼程序的开始和必经程序，这是因为立案程序能够保证一切需要承担刑事责任的犯罪行为及时、准确地受到揭露和追究，从而有效地保护诉讼法律关系各方的合法权益。
公安机关在新形势下，打击刑事犯罪的任务艰巨而紧迫。随着经济的发展，刑事犯罪呈现出手段隐蔽性强、方法智能性高、后果危害性大的新特征。据此，为了及时、准确地打击犯罪，履行好职责，公安机关不仅要加强对法律实体方面的认识和运用，更应该依法、高效地运用法律程序，充分认识到有效的程序可以为实体提供强有力的法定依据，从而达到事半功倍的效果。
(一)建立立案程序的运行机制
公安机关的刑事立案程序包括：①受理材料②审查材料③作出决定④立案监督四个步骤【1】。在实践操作中，一些办案单位经常是单一、机械地按照这四个步骤依次进行，因而时常被一些复杂的案件所累。
其实我们应当认识到，刑事案件数量的上升以及案件复杂程度的增强，使得传统的办案思路和模式已经不能够再适应严峻的形势。在当前，法律程序对于办案的重要性不言而喻，如何依法运用简捷、高效的程序来提高办案效率，增强打击力度，已经成为了我们公安机关在新世纪中所面临的新课题、新挑战。为此我们应当换一种思路来考虑立案程序，把立案程序所包括的四个步骤看成是一个有机的整体，并将每一步骤细分成许多环节，有机地联系在一起。
1、受理材料：
具体办案部门在受理材料后，应当对材料进行初步筛选、分类，将不属于公安机关管辖的材料作相应处理，并根据办案分工划分出由各具体职能部门负责的不同案件;大致了解材料反映的内容，依据材料内容初步划分出一般、重大、特大三种类型，以便在今后各阶段中有针对性的开展工作。
2、审查材料：
在受理阶段作初步分类的基础上再进行一次筛选，判断材料所反映的内容是否属有犯罪事实。尔后，对材料反映的内容进行调查，验证材料的真实性，并收集相关的证明材料。如果调查所获得的材料能够与报案材料的内容相印证或者足以证明被控告人有或无犯罪行为，则可进入下一步骤;如果收集的材料无法排除被控告人有或无犯罪行为，适当延长审查期限，进入特别调查确认程序。
3、作出决定：
经过对材料审查及相关调查后，形成了能证明有犯罪事实和无犯罪事实的两种材料，对能证明有犯罪事实的材料还必须要进行判断，检验是否属于法律规定的不应当追究刑事责任情况，然后依据调查结果作出立案决定和不予立案决定;对不予立案的材料，视情作相应的处理。
4、立案监督：
作出立案决定或不予立案决定后，送达相关人员，并将此结果在建立的信息库里进行归类。如果相关人员对不予立案决定提出复议要求，原决定机关的法制部门受理复议，并从原办案部门调取相关的材料，双方进行沟通。经过复议作出维持或立案决定后，将复议结果及存在问题反馈到原办案部门。
要使立案程序的机制能够有效运行,就必须针对目前公安机关在立案程序中存在的难点及薄弱环节找出相应的的措施,缓解难点、解决问题。
1、目前一些刑事案件没有具体的量化标准或者犯罪构成表述本身抽象、概括，加之在立案阶段一些专门性技侦手段不能使用，给立案甄别和判断工作带来了很大的困难，特别是经济类案件。故而造成在实践中，一些办案单位遇到复杂案件，在取得的相关材料无法明确判断是否立案的情况下草率地作出不予立案决定。立案程序之所以作为刑事诉讼的开始和必经程序，是因为立案程序是对相关材料进行审查、甄别、判断的过程，是确认有无犯罪事实和是否需要追究刑事责任的过程。那么，在材料无法明确作判断时，便无法进行排除和确认，这种情况下的作出的不予立案决定则可能纵容犯罪分子。
为了在实践办案中较好地解决这一问题，并考虑到实际办案效率，可以建立特别审查确认程序，即在办案的侦查人员遇复杂、疑难案件、相应材料无法明确作判断时，适当延长审查期限，并借鉴法院审判委员会集体讨论案件的方式进行第一次集体讨论，确定再次调查的方向、范围，集体讨论可以联合法制部门一同进行，以便于今后的复议;在取得相关材料后，对案件进行第二次讨论，集体对相关的材料进行审查、确认，形成立案与否的判断后报领导审核、审批。这种程序可以在一定程度上避免个人因素对立案决定的影响，较好、客观地对相关材料进行审查和判断，综合各方意见，防止立案不实和草率不立案。
2、针对立案材料来源较为复杂性，大多内容牵涉民事行为的特点。因此就要在受理材料、审查材料的环节中进行材料筛选、分类步骤。开展该步骤，可以将获取的大量原始材料按照不同类型、内容、管辖部门及调查涉及范围等作相应的筛选、归类，以有利于在审查、调查过程中缩小范围、有的放矢，避免分散精力，造成资源浪费;同时筛选、分类实质上亦是对所掌握信息进行初步判断的过程，这又为作出立案决定提供了依据。
在作出立案决定或不予立案决定后，可以建立相应的材料信息库，将材料进行分类、归纳和总结。这样便于在不予立案复议过程，负责复议的法制部门可在信息库中调取材料，并与信息库中相类似的材料作比较判断，从而加强实际办案部门与法制部门沟通。立案决定的信息输入，则便于可待侦查程序结束后与侦查终结的结论作比较对应，通过检验来总结经验。
3、立案程序中采用的调查材料方式一直是困扰公安机关的老大难问题。尤其是当前许多刑事案件隐蔽性强、手段技术性高，其中经济类刑事案件，常伴有民事纠纷，资金流向、票据往来等又通常是决定立案与否的关键点。对此，笔者认为这一问题是由于对法律规定片面理解所造成的。
据此，从立法角度和实际操作出发，在立案审查过程中公安机关可以采用非强制性的侦查手段，例如：询问相关人员、查询、鉴定、勘验、检查等，这些方式的使用可在一定程度上加强立案的审查力度，相应缩短立案审查期限，另一方面，亦不会给当事人带来过多的负面影响，保护其合法权益。
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