法院在受理了带有仲裁协议的案件之后，一旦被告提出了管辖异议，法院将要面临的问题就是对仲裁协议的效力进行审查。根据《仲裁法》第十六条第(二)款的规定，仲裁协议应当具备下列内容：(1)请求仲裁的意思表式;(2)仲裁事项;(3)选定的仲裁委员会。在实践中，当事人在仲裁协议中对于仲裁的意思表示及仲裁事项的约定一般来说是比较明确的，法院在审查仲裁协议效力中最经常遇到的问题是，对于仲裁机构约定不明的仲裁协议如何认定其效力。
1、仲裁机构名称有瑕疵。由于当事人对仲裁机构的认识不深，往往在订立仲裁协议的时候无法正确表述仲裁委员会的名称。以“上海仲裁委员会”为例，当事人往往会表述成“上海市仲裁委员会”、“上海市政府所属的仲裁委员会、“上海市经济仲裁委员会”等等。这些表述虽然存在一定瑕疵，但是在文字和逻辑上没有歧义，并且能够从文字和逻辑上确定仲裁机构。1998年4月2日，最高人民法院给中国国际经济贸易仲裁委员会的复函中指出：该合营合同的约定争议解决方式是提交仲裁，虽然当事人的仲裁条款中将你的名称漏掉“经济”二字，但不影响仲裁条款的效力。上海市高院《关于执行<中华人民共和国仲裁法>若干问题的处理意见》也体现了这一精神。因此，对于仲裁机构的名称有瑕疵的仲裁协议，如果其文字和逻辑没有歧义，可以辨别和确定当事人选择的仲裁机构，就应当认定仲裁协议有效。
2、选择的仲裁机构不存在。选择的仲裁机构不存在可以分为两种情况，一种情况是由于对仲裁机构名称不了解，导致援引的仲裁机构名称有瑕疵，这种情况在上文已经做了分析。对此，只要能辨别出仲裁机构，就应当认定仲裁协议有效。另一种情况是由于对仲裁机构设置不了解，导致约定的仲裁机构根本不存在。如有的仲裁协议约定：发生争议以后由上海市浦东新区仲裁委员会仲裁。根据《仲裁法》第十一条的规定，仲裁委员会可以在直辖市和省、自治区人民政府所在地的市设立，也可以根据需要在其他设立区的市设立，不按行政区划层层设立。由此可见，当事人所约定的“上海市浦东新区仲裁委员会”是不存在的，这种情况下双方的仲裁协议是无法执行的，故应当认定双方的仲裁协议无效。
3、选择两个或两个以上仲裁机构。对于当事人在国际贸易中选择两个仲裁机构的，最高人民法院在1998年12月给山东省高院的复函中认为：当事人订立的仲裁条款中约定‘合同争议应提交中国国际贸易促进委员会对外经济贸易委员会，或瑞典斯德哥尔摩斯商会仲裁院仲裁’，该仲裁条款对仲裁机构的约定是明确的，亦是可以执行的。当事人只要选择约定的仲裁机构之一的即可进行仲裁。笔者认为，最高法院这一复函的精神体现了对当事人仲裁意愿的充分尊重，也体现了目前法院对于仲裁日益支持的态度。根据这一精神，如果当事人在仲裁协议中选择两个以上仲裁机构，鉴于这类协议体现了双方要求仲裁的意愿，而且只要选择其中的一个仲裁机构就可以执行，因此排除了法院的管辖，应当认定仲裁协议有效。
4、只约定仲裁地点未约定仲裁机构。对于只约定仲裁地点而未约定仲裁机构的仲裁协议的效力问题，最高人民法院共有三个相关文件。(1)确认无效。1997年3月9日给浙江省高院的复函中认为：合同仲裁条款中双方当事人仅约定仲裁地点，而对仲裁机构没有约定，发生争议后，当事人就仲裁机构达不成补充协议，则认定本案所涉仲裁条款无效;(2)确认有效。1998年7月6日给河北省高院的复函中认为：合同中虽未写明仲裁委员会的名称，仅约定仲裁机构为“甲方所在地仲裁机关”，但鉴于在当地只有一个仲裁委员会，即石家庄仲裁委员会，故该约定应认定是明确的，该仲裁条款合法有效;(3)根据仲裁协议达成的时间确认。1998年10月26日给山东省高院的批复中认为：在《仲裁法》实施后重新组建仲裁机构前，当事人达成的仲裁协议只约定了仲裁地点，未约定仲裁机构，双方当事人在补充协议中选定了在该地点依法重新组建的仲裁机构，仲裁协议有效;双方当事人达不成补充协议的仲裁协议无效。
最高人民法院的上述复函及批复对此类仲裁协议的效力给出了不同的认定标准。笔者认为，对于只约定仲裁地点而未约定仲裁机构的仲裁协议是具有可执行性的;对该类条款应当作出宽泛的理解，从而认定其有效，充分尊重当事人的仲裁意愿。这类仲裁协议一般表现为：“在甲方所在地仲裁”、“在合同履行地仲裁”、“在被告住所地仲裁”等等。这类约定虽然从表面上似乎无法得出双方选择的仲裁机构，但是只要深入理解还是可以确定相应的仲裁机构的。根据我国目前仲裁机构的设置制度，直辖市、省和自治区人民政府所在地的市、其他设区的市都设有相应的仲裁委员会。除此之外，中国国际经济贸易仲裁委员会、中国海事仲裁委员会在一些城市设有分会。所以，只要把双方在合同中约定的“甲方所在地”、“合同履行地”、“被告住所地”理解为存在仲裁机构的行政区划，那么该处就存在一个、两个、或者三个仲裁机构，这样，如果只有一个仲裁机构，那么根据文字和逻辑是可以确定双方选定的仲裁机构的，仲裁协议有效;如果存在两个以上仲裁机构的，视为当事人同时选择了这两个以上的仲裁机构，根据最高人民法院相关复函的精神，也应当认定仲裁协议有效。
5、既选择仲裁又选择诉讼的仲裁协议。最高人民法院1996年4月18日给广东省高院的复函中称：双方当事人之间合同中解决争议的条款既约定涉外仲裁机构仲裁又约定可向人民法院起诉，按照本院有关司法解释，该仲裁约定无效。2002年10月8日给福建省高院的复函中称，鉴于当事人既约定通过仲裁又约定通过诉讼方式解决其争议，该约定违反了仲裁排除法院管辖的基本原则，应认定该仲裁条款无效。2004年8月25日给山东省高院、北京市高院的复函中称，双方当事人签订的协议书中约定发生争议申请仲裁或向法院提起诉讼，属约定不明，该约定无效。
从上述复函可以看出，最高法院对此类条款中仲裁协议的效力是予以否定的，然而关于这类条款的效力问题，理论界及实务界一直存在不同的观点。最高人民法院《关于适用<中华人民共和国仲裁法>若干问题的解释》(征求意见稿)第七条也体现了与最高人民法院复函不同的精神：“当事人约定可以向仲裁委员会申请也可以向人民法院起诉的，当事人可以选择申请仲裁或者向人民法院起诉的，当事人可以选择申请仲裁或者向人民法院起诉。当事人既申请仲裁又起诉的，由先受理的仲裁委员会或者人民法院管辖”。
笔者认为，对于此类条款如果认定其有效，可能在实践操作中会存在一定障碍。如果一方向法院起诉，另一方向仲裁机构申请仲裁，究竟司法管辖享有优先权还是仲裁管辖享有优先权，抑或由先受理的部门管辖尚缺乏相关的法律依据;而且一旦发生一方起诉的同时另一方申请仲裁，管辖权的协调也是一个很难解决的问题。然对此类条款如认定其无效，则违背了当事人对争议方式的选择自由，而且事实上，如双方在选定的仲裁机构或者法院中能达成一致的选择，事实上该条款是可以执行的。所以，笔者认为，理论界关于这类条款属于效力待定的观点既尊重了当事人的意思自治，也具有实际可操作性。在发生争议后，可依据当事人的具体行为对协议的效力进行认定：(1)如发生争议后一方向约定的仲裁机构申请仲裁，另一方未提出异议，则视为双方在仲裁和诉讼之间选择了仲裁，应当认定双方的仲裁协议有效，该仲裁机构拥有管辖权。仲裁机构做出裁决后，任何一方均不得以仲裁协议无效为由要求确认仲裁裁决无效。(2)如一方向约定的法院起诉，对方未提出异议的，视为双方选择了诉讼，法院拥有管辖权。(3)如一方向约定的仲裁机构申请仲裁，而另一方对仲裁协议的效力提出异议;或者一方向约定的法院起诉，另一方以仲裁协议为由提出管辖异议的，应视为双方对于解决争议的方式未能在原来选择的范围之内形成统一的意见。这种情况下应当认定双方关于管辖达成的协议整体无效，不能以此作为确定管辖的依据。由此，仲裁机构应当驳回当事人的仲裁申请;法院的处理则应视情况而定，如约定的法院依法对双方的争议有管辖权的，应当继续进行审理;如没有管辖权的，则应当将案件移送有管辖权的法院审理。
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