仲裁裁决被撤销后原本有效的仲裁协议是否仍然有效，即仲裁裁决基于仲裁协议效力以外的原因被撤销后，当事人还能否基于原本有效的仲裁协议重新申请仲裁?这在仲裁立法和实践中存在着不同的观点和做法。
一种观点认为，仲裁裁决被撤销后，原本有效的仲裁协议便自动失去了效力，当事人之间的未决争议，或者通过重新达成仲裁协议申请仲裁，或者向法院提起诉讼。我国仲裁立法认可这种观点。
另一种观点认为，仲裁协议并不因为仲裁裁决的撤销而必然失效。尽管仲裁裁决被撤销，但当事人之间的争议仍然应当基于原仲裁协议重新申请仲裁，比利时、德国、瑞士、美国等国的仲裁立法均有此规定。
两种不同的观点和做法体现着对仲裁不同的理念和态度。第一种情形属于严格仲裁制，即不论仲裁裁决的撤销基于什么样的理由，只要仲裁裁决被撤销，当事人之间的争议就要重新确定解决方式。如果通过仲裁方式解决，就必须重新达成新的仲裁协议，否则即可向法院提起诉讼。严格仲裁制以保证仲裁的公正与合法为出发点和目标，以最大限度地实现纠纷解决的公正性，但其往往忽略仲裁的独立性和对当事人意思自治的充分尊重。而第二种情形则属于积极仲裁制，即仲裁裁决的撤销不影响当事人对仲裁的选择，当事人之间的纠纷必须通过已选择的仲裁程序加以解决。积极仲裁制作为当今世界商事仲裁发展的趋势，更加强调仲裁所具有的独立于诉讼的属性，更加尊重当事人对仲裁的选择，但若将撤销仲裁裁决后的未了争议，一概规定予以重新仲裁也不免有失偏颇。
事实上，两种观点的交锋在于如何看待仲裁裁决撤销后仲裁协议的效力?对此笔者认为，仲裁裁决的撤销与仲裁协议的效力之间并不存在必然联系，即仲裁裁决的撤销并不必然导致仲裁协议因此而无效或失效。
首先，仲裁协议的无效是基于仲裁协议本身不符合法律规定的有效要件，例如，以口头方式订立的仲裁协议，没有约定仲裁事项或者约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的仲裁协议，当事人不具有民事行为能力而订立的仲裁协议等，在多数国家被认为无效，我国法律也作了如此规定。一般而论，仲裁协议的效力是一种自订立时起的持续状态，订立时有效其就自始有效，仲裁协议的无效必定是自始无效的结果。因此，仲裁裁决的撤销不是导致有效仲裁协议成为无效的因素。
其次，仲裁协议的失效是指原本有效的仲裁协议，由于特定情形的发生而失去了原有效力，其基础是仲裁协议有效。有效的仲裁协议失去效力，并不存在仲裁协议在具有了法律效力之后又欠缺法律规定的有效要件的可能性，其必然是基于某种特定事实的发生。如当事人协议放弃已订立的仲裁协议;当事人之间的纠纷得到了最终解决，等等。仲裁裁决的撤销作为一种事实，之所以不能导致仲裁协议的失效，主要原因在于仲裁协议的订立是当事人行使私权利的结果，只要该权利的行使不违反法律的规定，国家公权力就无权使其失效。
当今社会鼓励仲裁解决纠纷，促进仲裁，推动仲裁的发展是世界的主旋律;当今社会是充分体现当事人意思自治的社会，仲裁协议作为当事人仲裁意愿的充分体现，必然会受到包括司法尊重在内的社会尊重。
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