1、办案人员自身的业务素质不高。
侦破案件是侦查人员搜集固定证据，并用证据证明犯罪事实的过程，办案人员认定事实、适用法律能力的欠缺，会导致案件在实体方面产生事实不清、证据不足、定性错误的问题;办案人员调查、取证技巧能力的欠缺，会导致案件出现非法取证、程序违法的问题。素质不高的案件承办人，不可能办出高质量的案件，所以说，办案人员业务素质的高低是决定职务犯罪案件质量最重要的因素。
2、办案人员的执法观念存在误区以及外部监督与内部制约缺位。
在大多数情况下，案件质量出现这样或那样的问题，并不仅仅是因为办案人员本身不具备避免这些问题的业务素质，而是由于认识上出现了偏差。有些办案人员重打击轻保护，重实体轻程序，没有认识到保护犯罪嫌疑人及证人、涉案单位的合法权益同查清犯罪事实、打击职务犯罪一样是自己的重要职责，反而认为作为检察干警，只要是为了查处犯罪，自己的那些“轻微”违法行为不能算作是问题，加上外部监督与内部制约的缺位，使得办案人员、办案单位在实施侦查行为时，常常出于赶进度、图方便、提速度等各种各样的原因，有意或无意的简化、省略或变相使用各种侦查手段，导致了违法侦查行为的发生。
3、考核机制不够科学，存在着重数量，轻质量的问题。
近年来，各级检察机关都把检察业务作为中心工作来抓，因此查办职务犯罪案件也就自然成了检察业务工作中的重中之重，于是有些检察院便把“立案数量”作为工作标准之一，有的直接或变相地规定了“办案指标”，甚至对完不成指标的单位实行“一票否决”。这样，无形中就给办案人员施加了压力，从而产生了“紧迫感”。在办案过程中，为了完成任务数就搞一些凑数案子。这就给以后案件的审查起诉工作埋下隐患，最后又不得不为处理这类案件找台阶下，每年都有一批上一年查办的案件被撤案，就是因为这时候上级院对工作已经考核完毕，撤案不会影响考核结果。
4、地方行政干预，也是影响个案质量的重要原因之一。
有的部门领导与犯罪嫌疑人存在这样或那样的关系，怕“拔出萝卜带出泥”;有的部门领导因怕综合治理一票否决影响本单位年终考评从而影响其政绩，导致一些案件不同程度地受到地方行政的干预。还有一些案件由于领导认识上的误区，也会影响到案件的查处。比如说渎职侵权犯罪由于主体特殊，有的部门领导对渎职侵权犯罪就认识不深刻，认为渎职侵权行为是为公的，不仅无过，而且有功，对查处渎职侵权案件不配合，不理解，认为检察机关是小题大做，继而百般阻挠。
5、办案手段单一，方法落后，经费不足等客观因素的限制。
目前大多数自侦案件的侦破还是依赖于对“口供”的突破，由于刑事诉讼法规定的传唤时间只有12小时，在这种办案模式下，为运用侦查手段，如搜查，采取强制措施等，很多案件在初查刚达到立案起点的情况下进行了立案，出现平常所说的“踩线案”， 如贪污数额5000元，受贿数额8000元等，对这类案件，如果案件没有新的突破，而且有一笔犯罪数额的证据不够扎实，一旦发生翻证，就会导致案件的流产，也只好作撤案或不起诉处理。还有些案件涉案人员多、范围广，取证所需经费多，有些地方从经济角度考虑，往往不去取证，从而造成案件证据不足，结果也上不了法庭。
1、树立正确的执法观和政绩观。
坚持以检察业务为中心，把办案质量作为检察工作的重中之重;正确处理办案数量与办案质量、办案力度与办案效果的关系，不断加大办案力度，坚持有案必办，有罪必究，不拔高，不降格，实事求是办案，依法办案，规范办案，不断提高办案水平。
2、加强侦查队伍的专业化建设。
现有的侦查人员素质参差不齐，人员的数量也相差较大，这些都不利于侦查队伍的专业化建设。要大力优化侦查队伍的知识结构，充实侦查专家和业务骨干，努力建设一支政治坚定、业务精通、作风优良、执法公正的侦查队伍。在选好备齐人员的基础上，还要对侦查队伍加大培训力度，进一步提高新形势下的整体侦查水平。
3、加强内部监督机制的建立。
检察机关的法律监督性质决定其本身应该通过加强行业自律实现对外监督的公正性和权威性，这就使得检察机关加强内部监督制约十分必要。尽管检察队伍主流是好的，但个别检察官或者因业务素质不高而导致办案质量不高，或者因思想品质低劣而违法违纪办案，妨碍了司法公正的实现。因此进一步加强检察机关内部监督，切实提高案件质量，就必须构建案件质量保障体系，形成规范、长效的案件质量监督机制，使之成为一个与其他作为监督对象的业务部门相分离，相对超脱的监督检察工作机构。通过规章制度赋予其相应监督职权，独立按规定程序进行监督。
4、规范化的办案流程管理。
规范化的办案流程管理，可以正确引导干警依法履行职责，避免造成工作失误。办案流程管理除了传统意义上的初查、立案、强制措施、侦查终结、移送审查起诉等审批制度外，还强调对询问、讯问行为及调取证据各种行为的规范化管理。这方面的管理主要包括以下几方面的内容。一是强化领导审批手续。在办案实践中，有些办案单位常常忽略这些侦查行为的审批手续，通常情况下都是由办案人员自己拿着法律文书直接实施侦查行为，有时甚至不拿法律文书就对证人进行询问或到有关单位调取证据，这种行为表现到卷宗上，就是有许多证据无合法来源。二是要加强对侦查行为的监督。要充分发挥民主监督、社会监督的作用。通过权利义务告知制度及配套的监督举报制度、当事人评议制度、案件评查制度，有效的监督办案人员的工作和纪律作风，将其每一个办案行为都置于适时的、有效的监督之下，让其时刻感觉到自己处于被监督的状态，从而自觉地规范自己的侦查行为，及时纠正违法，使所办的每一起案件都能经得起历史的考验，真正成为“铁案”。三是要加强制度制约。要建立案件质量责任追究制及违法或不文明办案行为惩戒机制。案件质量责任追究制对案件质量和办案人员进行同步监督制约，既可促进办案人员公正执法观的增强，又可减少和预防错案的发生。违法或不文明办案行为惩戒制是对具体侦查行为的监督，促进办案人员文明执法、规范执法行为。
5、改善工作考核机制，正确引导职务犯罪案件的查办。
当前，检察机关对自侦、公诉、侦查监督等部门的考核评比大多数仅仅简单的考核办案数、起诉率、不起诉率、撤案率，有罪判决率，没有对案件质量进行综合考核。事实上，在司法活动中依法认定某个嫌疑人无罪，保护其合法权益，也是刑事诉讼的重要内容。因此，在考核内容上，在对“三率”进行考核时，将个案质量达不到优秀的案件排除在外，不予计分，这样必将有力促进办案人员及办案单位对个案质量的重视程度。要允许公、检、法三家对具体案件不同认识的存在，允许合理的差错率存在。这样，才能保证侦查部门解除后顾之忧，真正做到以事实为根据，法律为准绳，从而使办案质量得到提高。
6、加强办案经费保障，提高检察机关办案部门装备的科技含量。
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