然而，《经济参考报》记者在多个省市采访了解到，全国住房公积金管理机构改革，运行10多年，至今仍未到位。目前全国仍有各级公积金管理机构606个，这其中，按规定可以设立的设区市公积金管理中心342个，其余省直、区县、行业分中心等未改革到位机构仍有264个。
地方公积金管理人员普遍表示，应撤未撤的分中心人、财、物相对独立，业务不规范，监管不到位，导致公积金系统问题频发，部分已启动改革单位定位模糊、职能不清，造成公积金管理机构运转混乱。
西部某能源大市的公积金管理中心主任直言：除了自己所在的名正言顺的公积金管理中心，在同一个城市内，还有电力、煤炭、石油、铁路几个分中心，分中心名义上是住房公积金管理中心的下属单位，但人、财、物全部独立运作，中心根本管不了，只有所谓的“义务指导”关系，“除非审计部门检查，要不然分中心出什么问题我们都不知道”。
一些专家表示，这些分中心很难监管，业务流程不规范。近年来，频频引发社会诟病的公积金问题，很多都出在行业性分中心，例如2013年吉林烟草公司高管公积金每月缴纳1.4万元、兰州石化超比例为职工缴交公积金等。
不仅如此，住房和城乡建设部住房公积金监管司提供的报告显示，“当前部分行业和区县分中心存在账实不符、资金混用、挪用、甚至空账转运等问题。”
对此，各地公积金管理部门负责人普遍表示，首先应该补全历史欠账，把应改革、未到位的机构改革走完，“这是迟到了十多年的改革，不能老是只‘听到楼梯响不见人下楼’，应该加快步伐，不能拖太久。”湖北省黄冈市住房公积金管理中心主任黎胜国说。
按照2002年修改的公积金管理条例规定，各住房公积金管理中心应当是“直属城市人民政府的不以营利为目的的独立事业单位。”但记者在多个省市采访发现，“上有政策下有对策”，各地住房公积金管理机构的“婆婆”五花八门，性质也不尽相同，隶属和级别也不一样，“吃谁的饭，做什么事，屁股决定脑袋。”
同样是地级市，广西南宁公积金管理中心是正处级，内蒙古赤峰市是副处级；同为副省级城市，南京公积金管理中心是正厅级，广州、武汉是副厅级；广东韶关的公积金中心上级单位原来是财政局、后来变成住建局，内蒙古赤峰市由市政府办公厅管理、包头的上级单位是住房保障局；湖北省黄石执行参公管理，经费财政全额统筹，同省的黄石和宜昌则按事业单位绩效工资考核，内蒙古呼和浩特则是经费自收自支……
种种差别直接导致各地住房公积金管理机构在管理、运营、策略方面的巨大差异。有的地方政府把住房公积金当成自己的一亩三分地，住房公积金管委会决策功能“形同虚设”，一大笔缴存资金就成了被人垂涎的“唐僧肉”。上海财经大学不动产研究所常务副所长陈杰说，多地公积金管理中心已成为政府附庸并严重行政化，存在“政企不分、政事不分”。
中部某省一位公积金管理中心负责人表示，当地政府把公积金作为政府性资金，与当地金融机构实行存贷挂钩，还特意发文，政府办公厅牵头，看各个金融机构给地方贷款多少，然后考虑公积金给各银行的存款，每一笔公积金的存款到期转存或者有需要时，都要政府来批准“不仅于法无据，而且这笔钱地方政府要乱用中心也不好管，不然中心主任的帽子都被拿掉了。”
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