近日，多名院士、大学教授因陷科研经费腐败丑闻被查，科技投入问题再次成为社会热议话题。几乎与此同时，《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案》（下文简称《方案》）获批，有力地回应了公众关切。有专家称，这一方案的出台，意味着我国科技投入的管理将出现历史性转折。
有关统计显示，我国全国公共财政科技支出每年已超过5000亿元，但鲜有世界级科研成果，改变科研经费的配置模式，由此显得十分迫切。根据《方案》，按照财政部、科技部的规划，政府将不再直接管项目，分配项目经费、课题经费，杜绝"跑部钱进"。
如果能真正做到杜绝"跑部钱进"，这将很大程度改变我国的科研格局。从目前的《方案》看，有杜绝"跑部钱进"的良好初衷，但如果执行、落实不到位，"跑部钱进"会依旧存在，而且可能更甚。另外，要用好科研经费，除改革投入管理之外，必须改革对科研人员的管理、评价，切实建立现代大学制度和现代科研制度。
首先，科研资源集中，有可能进一步加剧科研行政化。按照《方案》，将致力于解决资源配置碎片化的问题，进一步聚焦科研项目做大事。资源配置碎片化，在现实中，导致了多头申报，重复资助，重复投入等问题，这需要治理。但是，把资源全部集中在一起，也意味着权力进一步集中，如果不能有效处理政府与科研基金会的关系，会进一步加剧科研行政化。
如果综合评审委员会的所有专家，都由政府部门聘任，那么，评审权说是在综合评审委员会，却仍旧在政府部门；如果综合评审委员会的评审不独立，政府部门官员可以左右最终评审结果，那在申报课题时，还会有跑要现象、"戴帽子"项目。
其次，科技计划将科研项目分为五类，有可能被高校、科研机构视为不同等级进行考核。新的科技计划（专项、基金等）体系，包括国家自然科学基金、国家科技重大专项、国家重点研发计划、技术创新引导专项（基金）、基地和人才专项，这貌似让科技计划成为一个整体，但也带来另一方面问题，即科研项目，被分为等级。高校和科研机构会按不同的科研项目，对教授、研究人员进行考核。
新《方案》并没有回答怎样解决这一问题。在笔者看来，解决这一问题的关键，在于大学建立现代学校制度，科研机构建立现代科研机构，具体而言，就是在大学和科研机构实行以"学术自治，教授治学"为核心的现代治理，对教师、科研人员的考核标准，应该由教授委员会、学术委员会制订，并具体执行，而不能由行政机构制订、执行；学校和科研机构的财务信息公开、透明，接受社会监督。
如果大学和科研机构均实行行政治理，把科研项目、经费作为考核教授、科研人员的重要指标，整个学术界就会一直崇尚资源，却不崇尚学术，那么以整合学术资源为重要特征的新科技体系，难以改变崇尚资源的风潮，科研经费还是难以真正用到刀刃上。
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