惠农政策落实出现偏差，不仅使资金用在了不该用的地方，还会引起一些负效应。广东梅州兴宁市检察院检察长张炎华说，大多数涉农资金的特点是单笔数目不大，涉及主体众多。对农民来说，几万元的补贴就是一笔大数目了，一旦出现不公平或者贪腐，容易造成大范围的不满。
涉农资金使用存在各种不合理现象，究其原因，主要有三，一是基层执行人员懒政，二是制度设计上"重花钱轻效果"，三是存在审批验收"一支笔"的管理缺陷。
江门缘生有机生态农业发展有限公司总经理关向东说，一些项目资金使用不合理，是由于一些地方的农民不知道政策信息，没有去申请。另外，一些农业部门在分配财政项目资金时，也喜欢关照"熟人"。
这其中除了贪腐问题，也有懒政的因素。"新申请的往往麻烦，填个表格可能就要填几回，而熟人熟门熟路好办事，既得人情，又省事。"关向东说。
曾任广东某市副秘书长的钟女士说，从政府部门的角度来说，有项目资金下来就必须要花完，花不完是要问责的，至于花出去效果怎么样，很多时候考核没那么严格。因此很多项目资金在使用时考虑的就不是有多大效益，而是有没有花出去，这就难免出现"任性"花钱问题。
还有一些补贴，申报验收"一支笔"，出问题也在所难免。
比如生猪补贴，按规定须经过申请、审批、公示、验收等多个环节，县级管理部门上报后还有省市两级审查。但现实中，上报哪个养殖场、审核验收是否合格基本都是由县一级管理部门说了算，到地市一级主要是从程序上审查材料，到省一级就更不可能逐个项目实地审查，材料合格就按上报的名单下拨资金。
基层干部群众和专家认为，阳光透明是最好的监督，但当前一些信息公开内容模糊、渠道"偏冷"，应进一步深化信息公开，使其具体化、便捷化。要让信息不仅仅停留在官方网站、政府大院，而是要进村入户，入眼入心。
兴宁市人民检察院副检察长赖建华说，生猪补贴等惠农项目资金虽有按规定公示，但往往局限在相关部门官方网站、地方媒体上，农民不可能天天盯着这些网站和媒体，加上相关宣传资料没有做到进村入户，导致信息不对称，给违规操作留下了空间。
赖建华、关向东等人呼吁，惠农政策和资金使用必须公开透明。一是公开内容要全面，其中应包含当地经营者可享受哪些政策和资金、申请条件、上一年度有关资金的使用明细等，让广大群众对有多少扶持政策和资金、能给什么人、给了谁、给了多少、为什么能拿到等情况都清清楚楚。
二是公开途径要多样化、接地气。对中央及省市出台的各种惠农政策，当地主管部门应该在企业和农民方便阅览的公开场合予以公示，而不是仅仅在官方网站上一放了事。
同时要尽快改变一些部门既当裁判员又当运动员、缺乏有效外部监督的现状。基层干部建议，应创新机制，强化纪检监督、群众监督、新闻监督。尤其是广大农民群众，惠农资金使用与其利益密切相关，完全可以调动他们参与监督的热情和积极性。
另外，一些专项资金的使用方式也可以更加灵活。如土壤改良补贴，广西融安县金丰农业科技开发有限公司技术总监吴伦忠建议，可以在一些地方试点，将专项资金拿出来作为奖励基金，分类设定土壤改良目标，比如土壤中的有机质达到3%，每亩给予多少奖励。这样一是规则透明，避免暗箱操作;二是提升参与积极性，避免"政府热政策，农民冷眼看"。
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