(一)主观方面不同
虽然玩忽职守罪与渎职罪的主观罪过，都是既可以由故意构成，也可以由过失构成，但是有所不同。渎职罪主要是由故意构成，个别情况下也可以由过失构成。其中，表现为故意的滥用职权，既可以是直接故意，也可以是间接故意;表现为过失的滥用职权，既可以是过于自信的过失，也可以是疏忽大意的过失。玩忽职守罪主要由过失构成，少数情况下也可以由故意构成。其中，表现为过失的玩忽职守包括疏忽大意的过失和过于自信的过失，表现为故意的玩忽职守可以是间接故意，也可以是直接故意。
(二)侵犯的直接客体不完全相同
虽然两罪都侵犯了国家机关正常行使国家权力、管理国家事务的活动，但两罪侵犯的直接客体还是有一定差别。任何一个国家机关工作人员，都应当在职务活动中正确地履行职责，依法贯彻执行国家的方针、政策，一切胡作非为的滥用职权活动，都是对国家机关工作人员职务活动正当性原则地侵犯，从而危害到国家机关的正常管理活动。因此，渎职罪的直接客体是国家机关工作人员职务活动的正当性。任何一个国家机关工作人员，都应当恪尽职守，完成国家机关赋予的任务，一切擅离职守的不履行职责行为或马虎草率的不认真履行职责的行为，都是对国家机关工作人员职务活动勤政性原则的侵犯，从而危害到国家机关的正常管理活动。因此，玩忽职守罪的直接客体是国家机关工作人中职务活动的勤政性。
(三)客观方面不同
首先，两罪的犯罪行为的性质和具体表现不同。渎职罪在客观方面的本质属性是对职权的“滥用”。这种“滥用”主要表现为两种情形：
一是超越职权的滥用，即行为人超越法定权力范围，违法决定无权决定的事项、擅自处理无权处理的事务;
二是在其职权范围内违法行使职权的滥用，即行为人在其职权范围内违反法定办事程序，胡作非为，滥施淫威，随心所欲地违法处理公务。
玩忽职守罪在客观方面的本质属性是对职守的“玩忽”。这种“玩忽”行为，主要表现为两种情形：
一是不履行职责，即行为人严重不负责任，对法定职责义务，该为而不为，放弃职守、擅离岗位;
二是不认真履行职责，即行为人在履行职责但履责时严重不负责任，对法定职责义务，马虎草率、敷衍塞责。
其次，两罪的犯罪行为方式不同。渎职罪只能由作为构成，而玩忽职守罪既可以由作为构成，也可以由不作为构成，并且主要表现为不作为。渎职罪主要表现为以作为的方式超越法定职权，决定、处理无权处理的事项，或者违法行使职权随心所欲处理公务，这就是说，渎职罪的行为方式表现为作为。放弃职责的行为应当属于玩忽职守的客观表现，而不应归入渎职罪当中。
渎职罪不可能由不作为构成。玩忽职守罪主要表现为以不作为的方式对工作严重不负责任，如该为而不为，放弃职守、擅离岗位、不履行职责。但对玩忽职守罪是否可以由作为构成，则有不同认识。笔者认为，在履行职责中不认真、马虎草率、敷衍塞责，还是一种作为的方式，与不履行职责的放弃职守等不作为是有区别的，故不能认为玩忽职守罪只能由不作为方式构成。
最后，对犯罪成立所要求的危害结果不同。虽然两罪都是结果犯，但是鉴于渎职罪与玩忽职守罪的行为人在主观恶性上有一定的差异，故在最高人民检察院《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定(试行)》中，对两种犯罪的危害要件作出了略有区别的司法解释。如因渎职造成死亡1人以上，或者重伤2人、轻伤5人以上即可立案，而玩忽职守除造成死亡1人以外，重伤要3人、轻伤10人以上才能立案;渎职造成直接经济损失达20万元即可立案，而玩忽职守则要 30万元才能立案。这就说明在危害上渎职比玩忽职守的危害性要大得多。
