第一百七十一条规定了对缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》(以下简称《解释》)第一条规定了对被害人直接向法院起诉的第二类自诉案件，人民法院应当依法受理，对于其中证据不足、可由公安机关受理的，或者认为对被告人可能判处三年有期徒刑以上刑罚的，应当移送公安机关立案侦查;对第三类自诉案件要求公安机关或者人民检察院已经作出不予追究的书面决定。《解释》第一百八十八条规定了对“证据不充分”的自诉案件，应当说服自诉人撤回起诉，或者裁定驳回起诉。《解释》第一百九十二条规定，对于已经立案，经审查缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，应当说服自诉人撤回起诉或者裁定驳回起诉。《解释》第一百九十三条规定，自诉人明知有其他共同侵害人，但只对部分侵害人提起自诉的，人民法院应当受理，并视为自诉人对其他侵害人放弃告诉权利。判决宣告后自诉人又对其他侵害人就同一事实提起自诉的，人民法院不再受理。以上立法及司法解释存在四方面的问题：1、不经开庭审理，直接裁定驳回起诉，有“先定后审”之嫌。以上立法及司法解释中，对自诉案件证据不足的表述分别使用了“缺乏罪证”(刑事诉讼法第一百七十一条)、“证据不足”(《解释》第一条)、“证据不充分”(《解释》第一百八十八条)，因以上表述均是针对刑事诉讼法第一百七十一条有关自诉案件证据不足如何处理，所以可以认为以上表述没有本质差别，都是为了说明自诉案件的证据没有达到“事实清楚、证据确实充分”的刑事诉讼证明标准。刑事诉讼法规定对“缺乏罪证”的自诉案件，可以裁定驳回，但没有说明是裁定驳回起诉，还是裁定驳回诉讼请求。但《解释》第一百八十八条，第一百九十二条明确规定了是裁定驳回起诉，而非驳回诉讼请求，且规定了人民法院认定 “证据不足”、“缺乏罪证”是在“经审查”后，而不是在开庭审理后。修订后的刑事诉讼法与原刑事诉讼法相比，主要是强化了诉辩式的庭审功能，否定了原刑事诉讼法的赋予人民法院的庭前实质审查职权，改变了原刑事诉讼法规定的人民法院涉嫌“先定后审”弊端。新刑事诉讼法在公诉案件的审查方面实行了形式审查，而在自诉案件的审查上仍坚持实质审查的规定，可不经开庭审理而直接驳回自诉人的起诉是不妥当的，不利于保护被害人的合法权益。
2、对证据不足的处理不够完善。我国刑法所规定的告诉才处理的案件主要是侵犯个人利益而且被害人与侵害人往往具有特殊的人身关系，国家不主动对此类案件进行刑事追诉，主要是从尊重社会伦理及维护和谐的长幼、尊卑关系。但告诉才处理的自诉案件就其复杂程度，举证的难易程度及社会危害性，并不一定比公诉案件简单或轻微。如侵占罪的最高法定刑为有期徒刑五年，远比一般轻伤害要重;虐待罪取证之困难也不比普通伤害罪容易。《解释》第一条只规定了对第二类自诉案件证据不足，应移送公安机关，而对告诉才处理自诉案件，如果证据不足，自诉人本人无法补充的，没有规定人民法院应移送公安机关，刑事诉讼法也没有规定被害人对个人无法取证的告诉才处理的案件可以要求公安机关起动侦查程序，这不利于保护被害人合法权益。
3、没有对共同侵害人一并提起诉讼视为放弃告诉权利，是对自诉人权利的损害。我国刑事诉讼没有缺席审判制度，如果共同侵害人部分在逃，那么自诉人只起诉没有在逃的侵害人应当是允许的，但不能认为对在逃的同案人员放弃告诉权利。所以对共同侵害人不能不加区分地一概视为放弃告诉权利。对在逃无法提起自诉的，应保留其自诉权利。
4、对第三类自诉案件的受理条件规定过于严格。司法实践中，很多被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的案件，公安机关或者人民检察院既不立案也不向被害人出具不予追究的书面决定，造成被害人不能直接向人民法院起诉，不利于保护被害人的合法权益。
5、公安机关发现自己立案侦查的刑事案件系告诉才处理的自诉案件，如何与被害人及法院衔接无明确规定。关于告诉才处理的自诉案件，公安机关先按公诉案件立案侦查后发现系自诉案件的如何处理?法律没有明确规定。刑诉法第十五条只是规定，依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的，应当撤销案件(侦查阶段)。那么被害人已经告诉，只是不属公诉案件，在侦查阶段是否应撤销案件呢?在《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百六十八条规定的撤销案件的情形中，没有关于发现是自诉案件立为公诉案件的情形，并且在此条第(六)项兜底条款中，只是规定“其他依法不追究刑事责任的”，可以撤销案件。而按照现行法律的规定，公安机关撤销案件后，被羁押的嫌疑人应当立即释放。实践中，由于基层司法机关办案经费严重不足，一些长期在逃的犯罪嫌疑人一般都是由被害人提供线索和经费才抓捕归案的，如果公安机关发现系自诉案件撤销案件立即释放犯罪嫌疑人，而被害人向法院提起自诉时，犯罪嫌疑人已逃跑，将严重损害被害人的利益。
2、对第三类自诉案件，只要被害人提供的证据足以证实公安机关或者人民检察院不予追究被告人的刑事责任，人民法院就应当立案，在形式上人民法院的立案条件，不应局限于必须有公安机关或人民检察院的不予追究的“书面决定”。
3、对共同侵害人在逃的，自诉人只起诉没有在逃人员的，人民法院应保留其对在逃人员的诉权。
4、对证据不足的告诉才处理的案件，被害人向公安机关控告，要求公安机关搜集有关证据的，公安机关应当立案侦查，侦查终结后是否向法院提起自诉，由被害人自行决定。
5、公安机关在侦查阶段，在犯罪嫌疑人已被羁押的情况下，发现该案系自诉案件时，可以撤销案件但不应立即释放在押犯罪嫌疑人，应及时告知被害人并限令被害人在一定期限内向法院提起刑事自诉，在法院立案审查的时间内继续对犯罪嫌疑人羁押，超过法院立案审查期限法院没有立案或法院立案后认为不需要对犯罪嫌疑人继续羁押的，公安机关应当释放犯罪嫌疑人;检察机关在审查起诉中，如果认为正在办理的公诉案件系自诉案件时，可以作出不起诉决定书，但也不应当立即释放犯罪嫌疑人，也应按照上述程序做出相应的规定，以切实保障被害人的合法权益。
