前已述，行政赔偿请求既可以“单独提起”，也可以在行政复议和行政诉讼中一并提起。但是，根据国家赔偿法第20条的规定，司法赔偿只能单独提起。通过对两种提起方式的分析，不难看出，“一并提起”是在同一个程序中解决两个请求，而“单独提起”却要通过两个程序才能达到同样的目的，相比之下，无论是在效率方面，还是在便于受害人行使以至实现其赔偿请求权方面，“一并提起”都要优于“单独提起”。那为什么在司法赔偿程序中不采取“一并式”，允许赔偿请求人在要求确认司法机关及其工作人员的职务行为违法的同时一并提出赔偿请求呢?这绝不是立法者们任意所作的选择，而是有其内在缘由的。主要有两方面原因：
首先，是由我国刑事诉讼中公检法三机关分工负责、相互配合、相互制约的机制决定的。在这个机制中，一方面，三机关可以相互纠正对方的错误，比如，错拘可以经检察院不批准逮捕予以确认;错捕可以经法院判决无罪予以确认;错判可能因检察院抗诉引起审判监督程序予以确认。另一方面，三机关又是分工负责，自己有权改变自己作出的决定。如检察院在逮捕公民后，可能因撤销案件、决定免予起诉或者改为取保侯审，将该公民释放，对此，人民法院无权审查检察院的决定是否正确。如果允许“一并提起”，意味着在当事人认为检察院的免予起诉、取保候审等决定违法侵权时，就可以向人民法院起诉并要求赔偿，人民法院就有权对检察院的决定进行审查并进行确认。从目前来看，这种做法缺乏法律依据，与现行刑事诉讼机制背道而弛。而行政赔偿不存在这个问题。根据行政复议条例和行政诉讼法，复议机关有权裁决撤销、变更具体行政行为，人民法院可以行使司法监督权，以判决的形式撤销违法的具体行政行为、变更我失公正的行政处罚行为，等等。因此，允许在行政复议和行政诉讼中“一并提起”赔偿请求是顺理成章的事。不存在任何障碍。
其次，是法制统一的基本要求。刑事赔偿实行的是无罪羁押赔偿原则，而认定有罪还是无罪，是依靠刑法，通过刑事诉讼程序来解决的。比如，对发生法律效力的错判，刑事诉讼法规定应当通过审判监督程序来予以纠正。如果允许“一并提起”，人民法院对当事人及其家属的申诉就必须受理，受理后就必须首先来认定原判是否有错误，这就大大破坏了现行的审判监督程序，无异于另外搞了一套程序来替代审判监督程序，极不利于社会主义法制的统一。同样道理，对司法机关及其工作人员的刑讯逼供等行为也不能“一并提起”。
总之，在司法赔偿程序中，只能通过刑事诉讼程序来确认司法机关及其工作人员的行为是否违法，在违法行为得到确认之后再提起赔偿请求。赔偿请求人“单独提起”司法赔偿也必须具备两个条件，这一点和行政赔偿是一致的，即(1)必须具备“单独提起”的前提。在单独提起赔偿请求之前，司法机关及其工作人员的违法行为已经得到了确认。(2)赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿请求。所不同的是，确认“违法情形”的途径和依据不一样。
1.错拘。由有权采取拘留的公安、安全等机关自己认定，或者，在公安等机关报捕后，以检察院认为既没有犯罪事实也没有犯罪嫌疑而不批准逮捕来加以认定。
2.错捕。由检察院自己确认，或者经普通审判程序宣告无罪确认。
3.错判。通过审判监督程序再审改判无罪、撤销原判来确认。
4.刑讯逼供等暴力行为和违法使用武器、警械的，由作出行为的司法工作人员所在的机关或其上级机关自己确认;由检察院依照刑事诉讼法提起公诉，或者由受害人向法院自诉，经法院判决来确认。
5.侦查机关、检察机关违法扣押、冻结、查封财产的，经该机关或上级机关来确认。
6.人民法院在刑事诉讼中违法采取扣押、冻结、查封财产等强制措施，或者在民事诉讼、行政诉讼中违法采取对妨害诉讼的强制措施、保全措施或者对判决、裁定及其他生效法律文书执行错误、造成损害的，由该机关或上级机关确认。
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