《意见》指出，各县（市、区）政府要制定农村土地综合整治推进计划，抓紧编制完善镇级农村土地综合整治专项规划。通过土地综合整治引导农民居住向现代新市镇、城乡一体新社区集中，耕地向适度规模经营集中，产业向园区集中。在统筹规划的基础上，以自然村或行政村为单位，推进农村土地综合整治工作。
《意见》强调，落实农村土地综合整治项目的选址、立项、规划设计、工程施工、竣工验收、后续管理等各环节责任，严格执行县级初验、市级验收、省级复核认定制度，层层把好竣工项目的质量关，确保基本农田和标准农田面积不减少、质量有提高。整治后建成的高标准农田要达到70%以上，土地开发整理净增耕地面积达到4%以上。农村土地综合整治项目竣工验收后，要将复垦后有条件的耕地划入基本农田保护区或基本农田整备区，并上图入库，按基本农田“五不准”、标准农田“四化”建设要求，加强后续管理，落实保护责任。
为了加大项目投入，拓宽资金渠道，在强化耕地保护资金保障的同时，《意见》提出，实行宅基地复垦项目以奖代补。在省政府每年采取以奖代补方式对宅基地复垦给予每亩6000元奖励的基础上，市政府对宅基地复垦给予每亩2000元奖励，各县（市、区）政府配套给予每亩2000元的奖励。同时，对评为优质的宅基地复垦项目给予每亩1000元的市级奖励。
《意见》指出，对农村土地综合整治形成的建设用地，一要复垦；二要通过空间置换方式优先用于农村基础设施建设和公共服务设施建设；三要留足农村发展用地，保证农民有土地收益，除此之外富余土地通过城乡建设用地增减挂钩到城镇使用，土地级差收益要返还用于改善农村生产生活条件。节余的城乡建设用地增减挂钩指标可在县（市、区）范围内以市场价格进行交易。交易价格应参照旧房搬迁补助、宅基地复垦成本、新房建造补助、新安置点的土地取得成本和“三通一平”等费用确定。农村土地综合整治经验收确认的指标由国土资源部门建立台账，统一管理，并纳入年度用地计划。
《意见》强调，建立健全机制，鼓励交回农村宅基地。对已进城就业且具有稳定收入来源、在城镇拥有人均不低于30平方米面积自住房的住户，各地政府应鼓励其永久性交回农村宅基地，并对交回农村宅基地的村集体经济组织和个人的房屋搬迁、建设用地复垦给予适当补偿，补偿标准由各县（市、区）自行制定。
